爭權大戰平餘波
忽必烈即位之後，一麵派出使者西行，爭取旭烈兀和別兒哥等人的支持；一麵派出一百名使者北行，去對阿裏不哥說：“我們這些宗王和異密(大臣)們，商議之後，已一致擁立忽必烈為合罕。”請求阿裏不哥讓步。阿裏不哥不肯，將使者全部囚禁起來。
後來，雙方又互派了很多使者，都沒能達成協議。
阿裏不哥不但不肯讓步，隨之又把忽必烈派去的一百名使者和兩位宗王全都殺了。同時，派遣兩路大軍，氣勢洶洶地殺向南方。
一路大軍由主木忽兒(旭烈兀子)、合剌察兒(術赤孫)等人率領，圖犯開平、燕京等地。
一路由大將阿蘭答兒率領，進入河西走廊，以便與駐紮在六盤山的渾都海和哈剌不花的軍隊相會合，且與劉太平、霍魯海互通聲氣，又計劃聯合駐在成都的明裏火者和駐在青居(今四川南充南)的乞台不花等，準備共同起事，妄圖一舉推翻忽必烈政權。
對於秦蜀隴地區，忽必烈在廉希憲的建議下早有防範，在鄂州撤軍北返時，就派遣趙良弼等人前往觀察人情事宜。趙良弼進入關中，很快了解到那裏的軍民向背情況，他向忽必烈報告說：“宗王穆哥無他心，宜以西南六盤悉委屬之。渾都海屯軍六盤，士馬精強，鹹思北歸，恐事有不意。紐璘總秦、川蒙古諸軍，多得秦、蜀民心，年少鷙勇，輕去就，當寵以重職，疾解其兵柄。劉太平、霍魯懷，今行尚書省事，聲言辦集糧餉，陰有據秦、蜀誌。百家奴、劉黑馬、汪惟正兄弟，蒙被德惠，俱悉心俟命。”
忽必烈聽了匯報，采納了趙良弼的意見，立即以廉希憲、商挺為陝西四川宣撫使、副，以趙良弼為參議，讓他們迅速趕到京兆一帶。把那裏的形勢穩定下來。
劉太平、霍魯海聽說廉希憲要來京兆極為驚恐，於是搶先進入京兆城，密謀為亂。廉希憲等人到達京兆以後，立即召集各級官吏，宣示忽必烈詔旨，讓京兆軍民聽從忽必烈指揮。
同時，廉希憲又派遣朵羅台前往六盤山安撫軍將。
不久，斷事官闊闊出遣使來告，說渾都海已把使者朵羅台殺死，並與劉太平、霍魯海暗中聯係，又遣人赴成都和青居，讓明裏火者和乞台不花率軍來援，企圖一舉襲據京兆。
廉希憲聽到這一消息十分憤怒，立即采取斷然措施，矯用忽必烈詔旨，捕殺劉太平和霍魯海。又命劉黑馬誅殺明裏火者於成都，命汪惟正等率兵誅殺乞台不花於青居。又權宜命汪惟良征集秦隴、平涼等處諸軍，命八春招募陝右新軍。
四川大將紐鄰奧魯官，將舉兵應渾都海，被八春捕獲，廉希憲寬大釋放，很快將其軍隊拉到自己一邊。後來，廉希憲又招降了瀘州宋將劉整，使川蜀關中形勢迅速緩和。
這時，經過廉希憲的努力，秦隴蜀地區除了渾都海盤踞的六盤一帶，全部控製在自己手中。
渾都海控製六盤，拉攏哈剌不花的征南軍隊，仍有一定勢力，不能掉以輕心。廉希憲與商挺商議對付六盤駐軍之計，商挺說：“如今，駐守六盤之軍有三策：悉銳而東，直搗京兆，上策也；聚兵六盤，觀釁而動，中策也；重裝北歸，以應和林，下策也。”廉希憲對商挺說：“據你分析，渾都海會采取何策?”商挺回答說：“必出下策。”
後來形勢的發展，正如商挺所預料的那樣，渾都海和哈剌不花率領久役思歸的士兵，匆匆北返和林。
當他們沿著河西走廊撤至甘州(今甘肅張掖)時，正好與阿蘭答兒所率征南大軍相遇。
阿蘭答兒傳達了阿裏不哥的意旨，令渾都海和哈剌不花停止北撤，隨同他一起奪取秦隴蜀地區。渾都海乖乖聽命，哈刺不花則與阿蘭答兒意見不合拂袖而去，徑自率軍北歸。渾都海則與阿蘭答兒折回，兵鋒再指關中。
由於渾都海未能采用商挺所說的上策，乘勢直搗京兆，這就為廉希憲從容調度關中兵力，提供了寶貴時間。廉希憲在加強關隴防備的形勢下派遣八春、汪良臣等率兵與諸王合丹騎兵會合，共擊渾都海和阿蘭答兒。
九月，合丹、八春、汪良臣的軍隊與渾都海和阿蘭答兒聯軍相遇於山丹(今甘肅山丹)附近的耀碑穀，雙方展開一場大決戰。
合丹列陣於北，八春列陣於南，汪良臣居中。大戰開始，正值大風吹沙，汪良臣令軍士下馬，以短兵突破敵軍左陣，接著，又繞其陣後，從右陣殺出。八春率軍直搗敵軍前陣。合丹率精兵截其歸逃之路。
經過一番苦戰，敵軍大敗，渾都海和阿蘭答兒均被殺死。合丹等軍隊大獲全勝之後，乘勝進控畏兀兒等地，“西土悉平”。阿裏不哥所派西路軍企圖進據秦隴蜀的計劃全部落空，忽必烈則將關中等財賦之地牢牢地抓在了手中。
就在廉希憲派兵打敗阿裏不哥西路軍的同時，忽必烈親自率軍出征，打敗了阿裏不哥的東路軍。
阿裏不哥以旭烈兀的兒子主木忽兒和術赤的孫子合刺察兒為東路軍統帥，是想造成旭烈兀和術赤一係諸王支持他為大汗的假象。忽必烈根本不管這一套，他一麵繼續派人與旭烈兀和術赤孫子別兒哥聯係；一麵派移相哥和納鄰合丹為先鋒，在巴昔乞地方三戰皆捷，大敗阿裏不哥的軍隊。
阿裏不哥因缺乏糧草，“陷入了絕境”,自知不是忽必烈的對手，遂放棄和林，狼狽逃竄到西北麵的吉利吉思(今葉尼塞河中上遊)一帶。忽必烈順利地占領了和林。
忽必烈和阿裏不哥一邊打仗，一邊想方設法爭取各方麵的支持。這時，東道諸王基本上都支持忽必烈，忽必烈開始把他的爭取對象移到西道諸王身上。
他答應將阿母河以西直至密昔兒(埃及)邊境的波斯國土和該地蒙古、大食軍民劃歸旭烈兀統治，因而取得伊利汗國旭烈兀的支持，旭烈兀派出使者，表示擁護忽必烈稱汗，指責了阿裏不哥，讓阿裏不哥放棄稱汗之舉。
至於欽察汗國的別兒哥，則不論忽必烈怎樣工作，仍然保持中立，表示不介入阿裏不哥和忽必烈的汗位之爭，隻是向雙方派出使者勸和。
察合台汗國則比較複雜，這時，察合台汗國的統治者合剌旭烈已經死亡，由其妻兀魯忽乃妃子監國。兀魯忽乃在忽必烈與阿裏不哥爭奪汗位期間，表示支持阿裏不哥。
忽必烈為了取得察合台汗國的支持並進一步控製察合台汗國，便搶先派遣跟隨他的察合台曾孫阿必失哈回本汗國奪取權力。但阿必失哈辦事不周。機密泄露，行至唐兀惕地區，被阿裏不哥的軍隊追獲，後被阿裏不哥處死。
由於忽必烈封鎖了通往阿裏不哥處的交通，兀魯忽乃也不能供應阿裏不哥物資。再加上兀魯忽乃不能長期監國，察合台汗國需要選出新的汗王，阿裏不哥便在飲食服用等物資供應出現困難的形勢下，派遣跟隨他的
察合台孫阿魯忽去阿力麻裏(今新疆伊犁哈薩克自治州霍城西)統治本汗國，“以便把武器和糧食送來援助我們，並守衛質渾河邊境，使旭烈兀的軍隊和別兒哥的軍隊不能從尋陰謀詭計麵前來援助忽必烈”。
哪知阿魯忽並不想接受阿裏不哥的控製，一心一意想獨立，當他被阿裏不哥遣送回去以後，“像離弦的箭般地飛走了，他著手安排自己的事”,很快“聚集了大約十五萬騎勇士”,從兀魯忽乃手裏奪取了察合台汗國的權力，並控製了原由大汗直轄的中亞城郭地區。
阿魯忽勢力壯大之後，不再聽命於阿裏不哥，拘殺了阿裏不哥派來征取錢糧兵械的使者，轉而承認忽必烈為大汗。
忽必烈為了拉攏阿魯忽，表示將按台山(阿爾泰山)至阿母河之間的土地劃歸阿魯忽統轄，阿魯忽非常高興。
忽必烈拉攏西道諸王獲得成功，阿裏不哥更加勢單力孤。阿裏不哥被忽必烈的先鋒移相哥打敗以後，害怕忽必烈前來攻打他，派遣使者向忽必烈表示投降，說：“我們這些弟弟們有罪，他們是出於無知而犯罪的，你是我的兄長，可以對此加以審判，無論你吩咐我到什麽地方去，我都會去，絕不違背兄長的命令，我養壯了牲畜就來見你。”表示到秋高馬肥時就來覲見忽必烈，並說：“別兒哥、旭烈兀和阿魯忽也將前來，我正在等待他們的到來。”表示同意邀集西道諸王正式召開忽裏台，選舉大汗。
忽必烈聽了阿裏不哥使者的話深信不疑，馬上表示同意。於是，忽必烈遣回使者，留下移相哥鎮守和林，以等待阿裏不哥。自己則於中統元年(1260)率領大軍南返了。
這一切都是阿裏不哥的緩兵之計而已，他要養精蓄銳，再伺機而動。
中統二年(1261)秋，“阿裏不哥在夏天和秋天把馬群喂養肥壯後，沒有守信用，他違背自己的諾言，再次出兵攻打合罕(指忽必烈)”。
當阿裏不哥接近駐守和林的移相哥時，派出急使說道：“我是來投降的。”移相哥相信不疑，表示歡迎。阿裏不哥則乘移相哥麻痹大意、不加防範之機突然襲擊、打敗移相哥，攻占和林。
隨後，阿裏不哥率領大軍穿過草原，氣勢洶洶地殺向南方，矛頭直指忽必烈的漠南駐地。
忽必烈聽說阿裏不哥偽裝歸順，重新占領和林，氣得渾身發抖，馬上使趙璧、怯烈門率領蒙漢軍隊駐守燕京近郊及太行山一帶，憑險扼守東起平灤，西至關陝之地。接著，征調張柔、嚴忠嗣、張宏等七處漢軍，令董文炳率射手千人、塔察兒率軍萬人隨從自己出征。
十一月，忽必烈軍與阿裏不哥軍大戰於昔木土腦兒(今蒙古蘇赫巴托省南部)之地。忽必烈以諸王合丹、駙馬臘真、丞相綜真和兀魯、忙兀二部軍為右軍；諸王塔察兒、太醜台和史天澤等軍為左軍；諸王哈必赤將中軍。
三軍奮力進擊，拚命地廝殺起來。“諸王合丹等斬其將合丹火兒赤及其兵三千人，塔察兒與合必赤等複分兵奮擊”,大敗阿裏不哥的軍隊。
十天之後，蒙哥的兒子阿速歹率領阿裏不哥的後衛部隊趕到，雙方重新大戰一場，忽必烈的軍隊奮勇衝殺，打敗了阿裏不哥的右翼。
繼而，阿裏不哥的左翼軍拚命地衝殺上來，忽必烈的軍隊奮勇相迎，隻聽馬踏鑾鈴，喊殺聲哭叫聲連成一片，直殺得天昏地暗，到了天黑，仍然不見勝負。沒有辦法，雙方隻好各自返回自己的宿營地。到了這一年的冬天，雙方仍在沙漠的邊緣對峙。
奪取察合台汗位的阿魯忽，拒絕向阿裏不哥供應物資，阿裏不哥軍隊給養越來越困難。沒有辦法，阿裏不哥又派不裏台、沙迪等人親自到察合台汗國一帶征集財物，“他們傳詔征集牲畜、馬匹和武器。在短期之內，他們征集了許多東西”。阿魯忽聽說阿裏不哥沒有通過他而私自征集貨物，大怒，下令把阿裏不哥的使者抓起來，“奪走了那批財物”。
阿裏不哥聽說阿魯忽奪走了他所征集的財物，並投靠了忽必烈異常憤怒，他不顧與忽必烈大軍對峙的形勢，於中統三年(1262)春，毅然決定出兵攻打阿魯忽。
忽必烈聽說阿裏不哥率軍去攻打阿魯忽，“正想沿著阿裏不哥所走的途徑追去”,可就在這時，中原漢地來了急使報告說：“漢地發生了事變”,李瓊叛亂了。忽必烈聽說李壇發動了叛亂十分生氣，於是放棄了追趕阿裏不哥的計劃，率軍返回中原。
阿裏不哥討伐阿魯忽，初戰不利。先鋒哈剌不花被殺，但隨後大敗阿魯忽，進據察合台汗阿魯忽的統治中心阿力麻裏，阿魯忽帶著妻子和阿速歹等人逃往斡端(又譯忽炭，今新疆和田)。阿裏不哥軍駐冬阿力麻裏，阿魯忽又西走撒麻耳幹(今烏茲別克撒馬爾罕)。
阿裏不哥討伐阿魯忽雖然獲得了勝利，但因為阿裏不哥肆無忌憚地無故殺害合罕(指阿魯忽)的軍民並淩辱他們，他的異密(大臣)們便離開他，各找借口脫離他而去。
他們說：“他如此殘酷地糟蹋成吉思汗征集起來的蒙古軍隊，我們怎能不感到憤怒而離開他呢?”旭烈兀的兒子主木忽兒身體稍有不適，便借口“到撒麻耳幹去治病”,一溜煙似的走了。蒙哥的兒子昔裏吉也離開了阿裏不哥。
就在這時，阿力麻裏又發生了饑荒，人民不斷死亡。一天，阿裏不哥正忘情地尋歡作樂，突然刮起一陣旋風，撕破了絲質朝會大帳，並折斷了支柱，許多人受了輕傷或重傷。
阿裏不哥的部下以為這是不祥之兆，是阿裏不哥崩潰的開始。於是，更多的人“脫離了他，各自散去了”。就連原來死心塌地擁立阿裏不哥的玉龍答失，也派出急使向阿裏不哥索回他父親蒙哥的一顆大玉璽，帶著部眾投靠忽必烈去了。
阿裏不哥眾叛親離，又聽說西走撒麻耳幹的阿魯忽重整旗鼓，企圖報複，隻好將扣押的兀魯忽乃妃子和麻速忽別送還阿魯忽，以求和解。
中統五年(1264)七月，兵殘餉乏的阿裏不哥已無力自存，隻好帶著阿速歹、孛魯歡等幾個殘兵敗將，歸降於忽必烈。
忽必烈聚集起眾多軍隊，莊嚴肅穆，威風凜凜，叫人看上去毛骨悚然。忽必烈準備妥當之後，下令阿裏不哥前來覲見。
按照蒙古族風俗，罪人的肩上必須披上大帳的門簾才能覲見大汗。於是，阿裏不哥的肩上也被披上了大帳的門簾，當他走進忽必烈大帳的時候，被命站在必闍赤(蒙古語“書史”之意)的位置。
阿裏不哥耷拉著腦袋，見到忽必烈不覺心裏一酸，哭了起來。忽必
烈見阿裏不哥哭了起來，“激起了他的家族榮譽感和兄弟之情”,“眼裏也流下了淚”。停了一會兒，忽必烈擦去眼淚，問道：“我親愛的兄弟，在這場紛爭中誰對了呢，是我們還是你們呢?”阿裏不哥抽抽咽咽地回答道：“當時是我們，現在是你們。”
阿裏不哥隻承認失敗，不承認忽必烈據有道理，仍然死抱著蒙古族幼子繼承家庭財產的傳統習慣，認為大汗之位也應該由他來繼承。
其實，幼子繼承汗位並不是合理的，就是退一步講，按幼子繼承製來說，阿裏不哥也不應該繼承汗位，因為他們的父親拖雷根本就沒有當上大汗。阿裏不哥這裏強調幼子繼承，不過是強詞奪理而已。
他在敢於打破傳統觀念、精明強幹的忽必烈麵前，隻能認輸。
忽必烈以為阿裏不哥、阿速歹等諸王是成吉思汗的後裔，雖然認為他們做了錯事，但念他們都是黃金家族的成員，在征得伊利汗國旭烈兀、欽察汗國別兒哥和察合台汗國阿魯忽三王的同意後，不予問罪而釋放。
忽必烈認為，孛魯歡等謀臣積極慫恿阿裏不哥等人叛亂罪大惡極，應全部殺死。阿裏不哥未被處死，但憂鬱成疾，不久便撒手人寰。
忽必烈同阿裏不哥之間爭奪汗位的鬥爭，持續四年之久，最後以忽必烈的勝利而告終。忽必烈能夠在這場鬥爭中獲得勝利，主要是他在蒙古諸王中獲得了較為廣泛的支持，末哥、撥綽等庶弟，塔察兒、移相哥等東道諸王，合丹、阿隻吉等西部諸王都積極擁護忽必烈，反對阿裏不哥。
忽必烈很善於籠絡諸王，中統元年(1260)十二月，他剛從和林返回，即對諸王、後妃大加賞賜。
在受賞的人物當中，有積極為忽必烈效力的塔察兒、末哥等人，還有不支持忽必烈的海都、都爾赤、兀魯忽乃妃子等。這顯然是忽必烈爭取諸王、分化瓦解阿裏不哥的一個策略手段。
在忽必烈的拉攏下，伊利汗國的旭烈兀、欽察汗國的別兒哥很快表示支持忽必烈。阿魯忽成為察合台汗國統治者以後，也轉而支持忽必烈。這是忽必烈能夠獲勝的一個重要原因。
憑心而論，阿裏不哥也曾有不少支持者，如憲宗蒙哥之子阿速歹、玉龍答失、昔裏吉，旭烈兀之子主木忽兒，術赤後王合刺察兒，察合台後王阿魯忽，窩闊台王後海都、都爾赤等都曾積極支持阿裏不哥。但阿裏不哥並不能將這些力量牢固地團結在自己周圍。他的肆意掠奪與濫殺無辜的做法，引起了許多人不滿。
阿魯忽、玉龍答失、昔裏吉等先後背叛了他，而歸順了忽必烈。阿裏不哥眾叛親離，不僅嚴重地削弱了他的力量，而且使他處於腹背受敵的境地，終於失敗。
忽必烈取得勝利的另一個原因，是他有漠南財賦之地的經濟保證。無論是人力，還是物力，都應有盡有。
忽必烈在與阿裏不哥的戰爭中，多次征調糧食、馬匹、羊裘、皮帽、褲、靴等，動輒萬計，都得到了保障。而阿裏不哥則不同，他以吉利吉思為根據地，“地窮荒徼，陰寒少水，草薄土瘠，大抵皆沙石也”,地理條件極為不利。忽必烈封鎖交通，飲食及軍用物資等都出現困難，使他在經濟上陷入絕境。
忽必烈之所以能夠戰勝阿裏不哥，還由於他實行了一條“采用漢法”的政治改革路線，取得了漢地地主階級的廣泛支持。
這些人幫助他出謀劃策，幫助他衝鋒陷陣，對於戰勝阿裏不哥起到了不小的作用。
而阿裏不哥則不同，他在蒙古進入中原，蒙古族遊牧經濟及落後的統治方式與中原地區先進的農耕文明及統治方式發生尖銳衝突的形勢下，不知道及時調整自己的統治政策，仍然死死地抱著祖宗之法不加改變，因而使他失去了主張改革和變通的地主階級及群眾的支持。
在阿裏不哥與忽必烈的鬥爭中，隻有一個漢族將領劉太平為他效勞，漢族知識分子差不多沒有人支持他。如此孤立，怎能不失敗?
忽必烈能夠戰勝阿裏不哥，還由於他有著長期的政治鬥爭與軍事鬥爭經驗，具有卓越的軍事指揮才能，戰略策略得當。這是阿裏不哥所不具備的。
忽必烈與阿裏不哥的戰爭，由於雙方在政治、經濟、社會基礎和政治路線方麵已各有不同，因而其性質已超出舊有的成吉思汗黃金氏族間單純的汗位爭奪。具有改革派同守舊派鬥爭的性質。忽必烈對阿裏不哥鬥爭的勝利，使他得以擺脫蒙古貴族守舊勢力的牽製，對於今後“鼎新革故”,放手"變通”祖製，采行“漢法”,具有重要作用。由於這一勝利，忽必烈在中原地區的統治得到了鞏固，被破壞的中原秩序重新確立起來，北方的農業生產逐步得到恢複和發展，這就為忽必烈進一步統一全國奠定了基礎。