台灣就撫
康熙二十二年(1683)四五月間，台灣鄭氏獲悉施琅將乘南風進征澎湖，就從各方麵加緊強化澎湖的軍事防禦。他們選拔精壯士兵做骨幹，抽調草地佃丁、民兵參加軍伍，將洋船改為炮船，要文武官員所有私船盡行修整，先後調集大小炮船、鳥船、趕繒船、洋船、雙帆船船共二百艘，軍兵二萬餘眾，由劉國軒統率奔赴澎湖。同時在澎湖的娘媽宮嶼頭上下、鳳櫃尾、四角山和雞籠山等地，添築炮城，又在東西蒔內、西麵內外塹、西嶼頭以及牛心灣山頭頂各處，構築炮台。凡是小船可以登岸的沿海二十餘裏的地方，盡築短牆，安置腰銃，分別遣兵丁死守。鄭氏決心在澎湖同清水師決一死戰。
是年六月，施琅率領大隊舟師齊集銅山，大會各鎮協營守備千把等隨征諸官，部署出征澎湖。當月十四日早上，施琅統率舟師從銅山開駕東征，次日下午，到達澎湖的貓嶼、花嶼。時有守汛的鄭軍哨船數十多隻，急忙返回娘媽宮，飛報劉國軒。時已天曉，施琅即令船隊灣泊八罩、水按澳。
劉國軒聞報，忙差部下持令箭與右先鋒鎮陳諒，著其嚴督陸路諸將謹守，並遍傳獅嶼頭、風櫃尾、雞籠山、四角山、內塹、外塹、東蒔等各鎮將，速移火炮火煩羅列海岸，橫截攻打，勿使清水師灣泊寄腱。與此同時，他傳集水師總提調右武衛林煩率各鎮營速駕大煩船、鳥船、趕繒船環泊娘媽宮前口子與內外塹東西蒔各要口守候。當時鄭將邱輝向劉國軒建議，待晚上潮落，請速遣船隊襲擊，清水師必定自然潰散。劉國軒帶著輕蔑的口氣笑著說：“施琅徒有虛名耳!今當此日日颶報之期，敢統舟師越海征戰，如夜風起，彼無焦類矣!此乃以逸待勞，不戰而可收功也，諸公勿慮。"
當月十六日，施琅率舟師進攻澎湖。劉國軒坐快哨如飛，於娘媽宮前澳內督率諸鎮領著煩船、戰船、趕繒船排列迎戰。清水師署右營遊擊藍理、曾成，副鋒右營千總鄧高等，擊沉敵船七八隻。時值南潮正發，前鋒數船被激流衝擊，逼近鄭方炮城，鄭水師乘機結成大隊合圍攻打。施琅被流炮餘炎燒著麵部，右眼受傷跌倒，強起指揮。藍理在酣戰中被流炮擊中，腹部受傷嚴重但仍繼續戰鬥。裨將等忙舍戰急救，時清興化鎮總兵吳英繼後夾攻，施琅冒死指揮，鄭軍水師總督林陛連中三箭，左腿被大炮打折，鄭楊威將軍援剿左鎮沈誠、統轄前鋒鎮姚朝玉、戎旗鎮陳時等均被焚殺。鄭將江勝、邱輝等複督煩船合攻，清水師撤退，江勝、邱輝等揮船尾追，劉國軒恐二將會遭清水師暗算，急忙鳴金收兵。邱輝等回師，立即向劉國軒提出自願領兵夜襲，劉國軒說：“彼舟師所寄泊按嶼都是沒有遮攔的海澳，又係石淺礁線，早晚風起，定不戰而自潰。俗語說六月三十日有三十六暴，今日乃十六，十七、十八、十九，就是觀音暴、洗蒸籠暴，那裏會沒有暴風呢?我們暫且養精蓄銳，拒險守險，以觀其敗。”
之後，施琅乘船親往前哨實地偵察澎湖各處設置炮台和戰船泊灣要所，以及地形地勢等情況。二十二日，清舟師分股向澎湖發起總攻，清廷、鄭經雙方展開了一場大決戰。
施琅命隨征都督陳蟒、魏明等領趕繒船、雙帆船船共五十隻為一股，從東畔蒔內直入雞籠嶼、四角山為奇兵夾攻；命隨征董義、康玉等領趕繒、雙帆據船五十艘為一股，從西畔內塹直入牛心灣做疑兵牽製；又將大鳥船五十六隻居中，分為八隊，每隊駕船七隻，各作三疊，施琅自率一隊居中，以便調度，其他七隊，分列左右，各由總兵官率領；此外，尚有八十艘船分為兩大隊，以為後援。分撥已定，施琅親率舟師浩浩****直進娘媽宮。
劉國軒聽到外塹山頂瞭望炮連發，立即掌號命各處炮船、趕繒船、大小各船齊起帆楗，發炮呐喊，從娘媽宮前疾出迎戰，西嶼兩岸銃炮齊發，兩軍對陣，炮火矢石交攻，如雨點般地落下來，煙焰蔽天，咫尺莫辨。清軍總兵朱天貴冒險衝入，被炮擊中，穿腸死亡。清將林賢遙見朱天貴死亡船潰，忙指揮船隊衝棕入援，劉國軒急督邱輝、江勝等率十餘隻船，環圍攻擊，一時火箭、藥罐、矢石炮火渾如雨點，林賢率眾環敵力戰，不料左臂貫甲，連傷三箭，其他將士死的死、傷的傷，矢石、藥炮都用盡了。在這危急之際，清中營遊擊許英等六船從外圍攻入，林賢奮起督擊，內外夾攻，接連擊沉鄭船二艘，鄭水師潰散，林賢立命船隊奮力進殺。
劉國軒見清水師攻勢凶猛，不得不決一死戰。於是，重新組織各鎮戰船、煩船、趕繒船、鳥船、雙帆船和踞據船一起出擊。清總兵吳英立即令領旗黃登、副領旗湯明在船頭，自己在尾樓督戰。不料湯明身中數箭，吳英的右耳也被鹿銃的火氣傷裂，戰船忽被水流衝擊擱淺，而後，船方乘著微風逐浪移流。這時，鄭將邱輝、江勝等率眾船襲擊，鋒勢甚銳。施琅窺測情勢，暗想，最後決戰的時刻已經來臨。他馬上揮令左右各股戰船，一起拚上，頓時，炮如雨下，煙焰蔽天，鄭將江勝被清水師團團圍住，部屬死傷過半，江勝眼見勢危，難以脫遁，恐遭擒辱，一時情急，毅然將鬥頭煩兩邊齊發，船隻隨著炮聲，立時沉入海中。鄭兵節節敗退。施琅立刻利用其優勢兵力，命令舟師以五船合圍敵方一船的辦法，把鄭船各個分割。於是鄭船全部陷入被動挨打的困境，有的被火罐所燒，有的被炮擊沉，鄭水師傷亡慘重。在一片慌亂中，鄭將邱輝冒死往來接應，放炮亂擊，並督率左右拋擲火桶、火箭、矢石，拚死抵抗。邱輝的左右足被擊傷了，卻毫不退縮，忍痛拚搏，終因勢窮力竭，自己毅然將火拋向官艙，藥桶齊發，被火焚死。這時，施琅督促大軍飛速追敵。
劉國軒眼見鄭舟師已傷亡七八，如繼續死拚，將會全部覆滅，他目視四周，力圖乘隙突圍。無奈清水師船集如葉，各條海港幾乎被清軍塞滿了，幾乎無逃脫之隙。在這危亡的緊急關頭，劉國軒忽然瞥見吼門一港，無船堵截，他急令黃良驥、洪邦柱等率殘存戰船，飛速向吼門駛去，順流撤退。將至吼門，劉國軒要航公楊福繼續往前直駛，楊福說：“吼門是死地，這裏礁線甚多，從來沒有船隻駛過”。劉國軒自度已臨絕境，再無別路可行，他便下令舵公從吼門行退，這時浪潮突然湧漲，風順無礙，劉國軒坐船領先，餘船尾隨，順著風潮，飛速地向台灣脫逃。施琅見劉國軒逃遁，傳令快哨追擒。清水師因港路不熟，追趕不上，隻得回師。
這時，天已將晚，施琅隻好一方麵鳴金收軍，並撥小哨將沿海跳水未曾溺死的鄭兵撈救起來；另一方麵打旗招降殘存鄭兵。這時，守在娘媽宮炮城的鄭軍將士，因孤立無援，各個出蜒請降，施琅即放杉板下海，差官收降。另外分遣官員各持令箭往諸島受撫，於是澎湖三十六島相繼歸順，施琅悉令剃發。凡歸降鎮將賞以袍帽，兵士給予銀米，出示安民。
澎湖決戰，基本上摧毀了鄭氏統治集團的軍事力量。鑒於此，總督姚啟聖即奏請立刻攻取台灣。他認為，“澎湖一戰，鄭軍慘敗，所有精銳，盡行斬溺，所有船隻，盡行焚毀，鄭軍幾成全軍覆滅，故應乘勝直搗台灣，似不宜遲，倘若讓‘海賊’將台灣隘口收拾堅固，使後日驟難攻克也”。
施琅仍堅持出征前提出的作戰方案。他認為台灣本應乘勝進剿，但攻克澎湖後，大小戰艦損破甚多，需要修理製造，新附投誠兵眾未便遽用，而征兵名額不足，也須移谘總督選凋精壯陸師官兵前來補用，尤其是“台灣港道迂回，南風狂湧，深淺莫辨”,似應少待八月或十月乘順北風進剿，方為萬全。同時，施琅更考慮到澎湖為台灣咽喉，既得澎湖，他當即分撥船兵在八罩、將軍澳、南大嶼、龍門港、吼門與吉貝嶼等島，倍加巡瞭，以抑其吭。這樣，“殘孽敗遁之餘”,眼見清軍“逼臨門庭”,就會“不戰自潰，內謀自應”,乘敵危亡之際，“急令招徠”,實現和平方式解決台灣問題。如不成，繼之以軍事征剿。
康熙皇帝接到姚、施的澎湖捷報之後，就諭令戶部、兵部“不拘何項錢糧，盡見在者，準其動用，毋致貽誤”。為了鼓勵將士，憂恤兵丁，康熙皇帝還給進征台灣的官員兵丁按照進剿雲貴事例，“從優加級賞賚”。但他考慮到以兵力攻取台灣，“則將士勞瘁，人民傷殘”,他同意施琅的意見，特發詔令招降鄭克壊。
經過澎湖海戰，台灣的軍事力量已基本被摧毀。繼而施琅又實行優待俘虜與恤民政策，他嚴禁亂殺戰俘，下令戮一降卒抵死，對受傷的降卒，給予米粥酒肉，另派醫生為他們敷藥包紮，遣送部分戰俘回歸台灣，讓他們去同自己的父母妻子團聚，施琅還特地召見遣返的戰俘說，朝廷是不得已用兵的，你們既已投誠，所有罪行就通通赦免了。你們回去後，要告訴台灣人民，務必速速來降，少緩，“則為澎湖之續矣”。由於施琅妥善地“安插投誠，撫綏地方，人民樂業，雞犬不驚，台灣兵民聞風俱各解體”。
這時，鄭氏政權內部就降與守的問題展開了一場激烈的爭論。作為台灣的最高軍事指揮官並左右著台灣政局的關鍵人物劉國軒，“自澎湖敗翊，心膽俱裂”,更鑒於清師“逼臨門庭”,台灣兵民“群情洶洶，魂魄俱奪”,“眾心搖動”,處此危亡之際，他認為台灣唯有投降才是唯一的出路，於是，他力排異論，“首創降議”。
建威中鎮黃良驥認為澎湖失守，台灣勢危，主張取呂宋為基業。中書舍人鄭德瀟當即呈上呂宋地圖，也陳述呂宋可取事宜，他們的建議很得鄭克壊、馮錫範兩人的讚同。劉國軒則竭力反對說：“今澎湖已失，人心懷疑，苟輜重在船，一旦兵弁利其所有而反目，後果不堪設想”。鄭克壊、馮錫範二人隻好放棄前議。接著馮錫範提出“分兵死守”。劉國軒則予以駁斥，他明確指出“眾誌瓦解，守亦實難，不如舉全地版圖以降，量清朝恩寬，必先赦宥”。他又竭誠勸導鄭克壊說，“人心風鶴，守則有變，士卒瘡痍，戰則難料，當請降”。
正在鄭氏集團關於降與守的爭議未定之時，施琅已派遣原劉國軒部屬曾蜚前來招撫。劉國軒要鄭克壊命禮官鄭平英等人到澎湖軍前請降，鄭克填思慮“民心已散，誰與死守?浮海而逃，又無生路”,唯有投降了。劉國軒就讓鄭克壤立刻調鄭明等人登岸，撥兵監守鄭氏子孫，嚴防他們漏脫遺禍。
康熙二十二年(1683)閏六月初八日，鄭克壤差協理禮官鄭平英、賓客司林維榮帶了降表和給施琅的信，劉國軒派朱紹熙、曾蜚同行，他們一起到澎湖見施琅。鄭方要求“剃發稱臣，仍居台灣，永為朝廷屏翰”。施琅果斷地加以拒絕，聲稱“若果真心投誠，必須劉國軒、馮錫範親來澎湖軍前麵降，將人民土地悉入版圖”,所有投誠官兵，“遵旨削發移入內地，一概尊聽朝廷安輯”。若不從，“立即督軍進征”。總督姚啟聖也立即轉奏請頒赦招撫。
康熙皇帝得到台灣願意歸降的奏報，馬上下了一道詔諭給鄭克壊、劉國軒和馮錫範等人。詔諭稱：“爾等傾心投誠，率所屬軍民官兵悉行登岸，從前抗違之罪，盡行赦免，仍從優敘錄，加恩安插，務令得所。倘仍懷疑，猶豫遷延，大兵一至，難免鋒鏑之危，傾滅身家，噬臍莫及。”又上諭差往料理台灣兵餉的工部侍郎蘇拜、郎中明格裏說：“若鄭氏來歸，即令登岸，善為安插，務俾得所，勿使餘眾仍留原地，此事甚有關係。”
同年七月十五日，鄭克境差兵官馮錫矽、工官陳夢煒，劉國軒遣胞弟劉國昌，馮錫範遣胞弟馮錫韓，同曾蜚、朱紹熙賚送降表文稿再到澎湖施琅軍前繳納。他們懇請施琅“發給告示，張諭削發，俾得遵依”。次日，施琅遣侍衛吳啟爵、筆帖式常在同馮錫珪、陳夢煒、曾蜚、朱紹熙帶安插告示往台灣曉諭。吳啟爵等人一到達台灣，鄭克填率劉國軒、馮錫範等文武官員齊集海蜒迎接。之後，立即將安民告示在各處張掛。鄭克壊令全體兵民遵旨剃發。
然而，劉國軒卻擔心台灣新附，人懷危疑，擔心出現動亂。於是，他一麵差紅旗官巡緝密布提防；一麵遣曾蜚等去澎湖催促施琅速來台灣彈壓。隨後，施琅就部署部分兵船留守澎湖，自己於八月十一日統率舟師向台灣進發，十三日到達台灣。這時，鄭克壊遣禮官鄭斌率領父老，乘坐小船，出鹿耳門迎接，自己親率劉國軒、馮錫範等一批文武官員齊集海蜒恭迎。清師隨著鄭船徐徐進入鹿耳門。鄭克壊、劉國軒、馮錫範等文武官員於十八日全部剃發，清方按清製逐一分發給他們不同等級的袍、褂、外套、靴帽等。隨後，施琅命廣貼“諭台灣安民告示”,勸諭台灣地方官員、百姓、土番人等，“各宜樂業，無事驚心，收成在邇，務農毋荒，貿易如常，壟登有禁，官兵違犯，法在必行，人民安上，事勿自緩”。之後，施琅親至延平王鄭成功廟告祭，曆數鄭氏開發台灣功績。
台灣回歸，施琅遣吳啟爵馳京奏報。康熙皇帝授施琅為靖海將軍，晉封靖海侯，世襲罔替，其所屬官員再各加一級，兵丁再賞一次，以示特加優渥至意。
康熙二十二年(1683),鄭克壊、劉國軒、馮錫範等人奉命至京，康熙皇帝授鄭克姨公銜，劉國軒、馮錫範伯銜，俱隸上三旗，並令工部撥給房屋土地。其餘鄭氏文武官員並明裔等一律於附近各省安插墾荒。兵四萬餘人願入伍歸農聽便。
台灣歸降後，擺在康熙皇帝麵前的一個突出問題，是台灣或棄或留，亟須作出決斷。
當日，不少朝廷官員、封疆大吏認為台灣“孤懸海外，易藪賊，欲棄之，專守澎湖”主張“遷其人、棄其地”。
在這關鍵時刻，福建總督姚啟聖、靖海將軍施琅、都察院左都禦吏趙士麟、侍郎蘇拜、大學士李霹等挺身而出，堅決反對棄台的荒謬主張，尤其是施琅的真知灼見，對康熙皇帝的決策很有影響。
施琅經過親自調查後，對台灣的棄留問題看的很遠。他於同年十二月二十二日上疏，具體深入地剖析了台灣的情勢，闡明了“棄之必釀成大禍，留之誠永固邊圉”的意見。
趙士麟、蘇拜、李麝等人奏稱：“據施琅奏內稱，台灣有地數千裏，人民十萬，則其地甚要。棄之，必為外國所踞，奸宄之徒，竄匿其中，亦未可料。臣等以為守之便。"
康熙皇帝聽取了各方麵的意見，最後明確諭示：“台灣棄取所關甚大，鎮守之官三年一易，亦非至當之策，若徙人民，又恐失所，棄而不守，尤為不可。”他要大學士會同議政王大臣、九卿、科道等“再行確議具奏”。之後，大學士明珠回奏：“議政工大臣等認為，上諭極當。提臣施琅目擊彼處情形，請守已得之地，則設兵守之為宜。”
於是，台灣充立一府三縣。置巡道一員分轄，隸屬於福建省。撫曰台灣，附郭為台灣縣，南為風山縣，北為諸羅縣，由台廈兵備道分轄。同時台灣設總兵官一員，副將一員，兵八千，分為水陸八營。澎湖設副將一員，兵二千，分為二營，每營各設遊守千把等官。康熙皇帝任命參領楊文魁為第一任福建台灣總兵，在楊文魁上任陛辭時，康熙特地麵諭：台灣遠在海隅，新經底定，彼處新附兵丁以及土人黑人種類不一，你到任之後，務期撫輯有方，“宜用威者懾之以威，宜用恩者懷之以恩，總在兵民兩便，使海外晏安”。他還告誡楊文魁，“台灣以海洋為利藪，海舶商販必多，爾須嚴飭，不得因以為利，致生事端”。之後，文武各官陸續就任，編戶籍，定賦稅，通商賈，興學校，至此，台灣正式隸屬於清朝中央政權的行政管轄之下。
台灣設治，始於宋代、元代，但皆編在澎湖。康熙統治期間在台灣本島建立的府縣，是以鄭氏政權建立的府縣為基礎。順治十八年(1661),鄭成功從荷蘭人手中收複台灣之後，曾建立過承天一府及天興、萬年二縣。鄭經時又改為東寧府，升二縣為州，設南、北路及澎湖三安撫司。統一後，康熙二十三年四月十四日，康熙皇帝批準差往福建料理錢糧侍郎蘇拜會同福建總督、巡撫所上奏疏，改東寧府為台灣府，於南路設風山縣，於北路設諸羅縣，於府治設台灣縣，澎湖歸府直轄，使台灣地方政權的建置逐漸完備。台灣府縣的文職官員，準福建督撫於本省現任官內揀選，奏請皇帝批準調補，三年任滿，工作稱職，即予優升。
經“督撫會疏交薦”,康熙批準，台灣第一任知府由原任泉州府知府、漢軍鑲白旗人蔣毓英調補擔任。他赴任之後，“見井裏蕭條，哀鴻未複。躬曆郊原，披荊斬棘，經界三縣封域。相土定賦，罷不急之役。安撫土番，招集流亡，谘詢疾苦，進父老子弟，教以孝悌之義。振興文教，捐俸創立義學，延師課督”,在政治、經濟、文教等方麵，均有所建樹。他三年任滿之後，升按察司副使，管台灣府事，實是連任三年。蔣毓英所建台灣府縣政權組織完全與內地相同。台灣府衙署建在東安坊，大門向南開，改變了原來台灣官舍民居向西開大門的習慣，這是把台灣衙署采取和內地一樣製度的象征。
政治上的統一，為台灣的經濟開發提供了必要的條件。康熙皇帝采納興化總兵吳英的建議，在駐台士兵中試行屯戍法，“半為鎮守，半為屯田”。屯田者，“每兵給田三十畝，牛一，課耕種，農隙操練”,使“兵有恒產，餉可省半”。其後，福建沿海福、興、漳、泉四府之民大量流入台灣，墾殖土地。康熙末年，據蘭鼎元記述，“前此台灣，止府治百餘裏，風山、諸羅、皆毒惡瘴地，令其邑者，尚不敢至；今則南盡郎嬌，北窮淡水、雞籠以上千五百裏，人民趨之若鶩矣。前此大山之麓，人莫敢近，以為野蕃嗜殺；今則群入深山，雜耕蕃地，雖殺不畏。……漸廓漸遠，雖厲禁不能使止也”。據統計，康熙二十三年(1684),全台灣耕地麵積為一萬八千四百五十三甲；康熙四十九年(1710)增至三萬零一百零九甲。二十餘年間，增長百分之五十。
耕地迅速增加，其原因除了內地農民大批遷入台灣之外，還由於清朝政府采取了類似內地的“更名田”製度，有些官田被改為民田，大大激發了農民開墾新耕地的積極性。賦役製度也相應進行改革。把原來“就田征穀，計口輸錢”的辦法，改成和內地一樣的一條鞭稅製，把田地分成上、中、下三等，“履畝定稅”,按等征收。原來對高山族不分男女一律征丁稅一石，統一後則免去婦女丁稅。這就是台灣第一任知府所推行的“相土定賦，罷不急之役”。
伴隨土地的開發，糧食產量逐年增長，“不但本郡足食，並可資贍內地。居民隻知逐利，肩販舟載，不盡不休”。
由於私有土地的增多，推動了甘蔗種植和製糖業的發展，台灣剛統一時，共有榨糖的“蔗車”七十五張；九年之後(康熙三十二年),新增蔗車二十四張。到乾隆初年，糖年產量達六十餘萬簍，合一億七八百萬斤，銷往內地蘇州、杭州等城市。為了適應經濟發展的需要，康熙二十八年(1689)四月，康熙皇帝特命台灣府開爐鑄幣。當時府一級本無鑄幣權，允其鼓鑄，是考慮到其特殊情況和重要地位。
台灣統一於清朝之後，文化教育事業也比鄭氏統治時有進一步發展。蔣毓英於康熙二十三年建成台灣府學，其後又建“社學”三所，在他離任那年又建立一所“書院”,供學者講學。康熙“準福建台灣鄉試，另編字號，額中一名”。當年取中台灣籍的第一位舉人是康熙二十六年丁卯榜的風山縣學生蘇峨。同年七月，康熙皇帝采納福建巡撫張仲舉建議，在台灣郡縣設立學校，定“府學量設廩增各二十名，縣學各十名，俟人才漸盛，仍照直隸各省補充名額”。台灣籍的第一名進士是康熙三十三年(1694)甲戌榜的台灣
舉人陳夢球。第一任台灣知府蔣毓英還主持了第一部《台灣府誌》的起草工作，至康熙三十三年由福建台廈道高拱乾最後完成。
台灣建置，派駐重兵，實行與內地大體相同的政策，使邊防力量大大增強，並在一定程度上促進了台灣經濟文化的發展。但是，因為封建統治者的根本目的在於鞏固統治，所以政策中也有消極限製的一麵。如禁民渡台、禁入番地等。康熙二十二年(1683)剛剛統一時，清政府就規定流寓台灣無妻室產業之民，應逐回內地，交原籍管束；不準人民偷渡，偷渡者及引誘偷渡之人，俱嚴加治罪，失察官員亦分別議處；往台灣者不得攜眷，已在台灣者不得搬眷至台灣。為了加強海上控製，康熙二十四年(1685)又規定一切船隻隻能經由安平與廈門實行單口對渡，兩處口岸各設海防同知，加強稽察。康熙晚年實行禁海，控製更嚴。對於已經移居台灣的人民，清政府又立石於番民之界，禁止他們進入高山族居住區，以防接觸，萌生動亂。從某種意義上說，台灣經濟、文化的發展，是在偷渡者冒極大危險衝破封禁之後才取得的。