把握時機準備北伐
永曆八年（1654年），南明朝西寧王李定國與鄭成功聯係，希望兩軍能夠合作，從東西方向合力進攻廣東，然後再沿長江北伐，共謀恢複明室的大業。鄭成功同意了，於是派部將林察、周瑞領兵西進，卻因諸多原因延誤了與李定國的約期。結果導致李定國孤軍奮戰，最終不敵清軍大敗而回。李定國本來對與鄭成功會師北伐，抱有很大期待，但卻因鄭成功的軍隊沒有按時到達而誤了大事，李定國對此相當失望。李定國和孫可望兩人爭功，致使在軍內發生猜忌和摩擦，加快了西南形勢節節敗退的情勢，東西聯軍反攻的希望是愈來愈小。當時清政府的兵力仍受西南方麵的牽製，東南兵力空虛，而且鄭家軍在和議期間，整軍訓練，儲備糧食，實力大增，北伐的準備就欠好時機這個“東風”了。
永曆八年（1654年）十一月，清軍漳州協守劉國軒向鄭成功投降，引鄭軍進入漳州府城。攻下漳州後，鄭軍分兵進擊，拿下同安、南安、惠安、安溪、永春、德化諸縣，軍隊進入興化地方。
永曆九年（1655年），鄭成功將廈門（當時稱中左所）改名為思明州，並建造演武亭，以便親自督察將士操練。同年九月，清軍定遠大將軍和碩鄭親王世子濟度率三萬大軍攻入福建，準備與駐守當地的清軍一起準備進攻廈門。鄭成功基於當時的形勢決定放棄已占領的漳州、泉州兩府屬邑，並拆毀城牆，讓清軍沒有地方安營紮寨，來消減清軍攻擊金門、廈門的兵力。同時還派遣軍隊兵分兩路抗擊清軍，一路北上浙江，一路南下廣東，令清軍腹背受敵，難以兼顧頭尾。北上鄭軍連戰皆捷，攻入舟山；南下鄭軍雖然攻取揭陽，卻遭到清援軍擊潰，死傷慘重。
後來，守衛海澄的將領黃梧因害怕治軍甚嚴的鄭成功處罰自己，於是獻出海澄城向清朝投降。鄭成功多年來投入了許多人力、物力建造海澄，黃梧的投降無疑給了鄭成功一大打擊，北征的計劃也就因此擱淺了。喪失海澄的打擊，遠甚於當年廈門被劫，可是卻沒有摧毀鄭成功堅定的決心，他為了補償海澄的損失，發動了閩安之役。
閩安之役是由鄭成功手下的大將甘輝領兵，攻福州，占閩安。他所掠奪的大宗的物資，足以抵償喪失海澄的損失。此外又一連串的發動攻勢，主要的目的還是在掠取軍糧，厚植實力。
一直以來，清政府對鄭成功都頭痛不已，和也不成，戰也不成，因此，清政府下令東南沿海一帶，禁止船隻私自出海。同時，清政府還采用挑撥離間的手法，招降了鄭成功的許多部將，這些人包括曾經從清政府投降鄭成功軍下的黃梧、蘇明、王士元等人。他們為什麽會背叛鄭成功呢？
永曆十年（1656年），在一次和清軍的戰爭中，蘇茂和黃梧指揮的軍隊被清兵擊敗，當時傷亡重大，損失了五千多人。再加上蘇茂曾經藏匿施琅，讓他成功渡海逃走，之後施琅還降清了，這件事讓鄭成功一直耿耿於懷。雖然當時蘇茂是念在和施琅的感情，所以藏匿施琅，並且偷偷地送他到大陸，而且蘇茂也很忠心於鄭成功，事後立刻來自首。在內心糾結了一番後，鄭成功還是認為蘇茂論罪該斬，黃梧也因此受罰。當時有許多將領卻認為鄭成功不應該把蘇茂殺了，都為蘇茂感到不平。清政府就利用了這些原因，在鄭軍將領之間挑撥是非。因此，那些心有不平的將領轉而投向清政府。
黃梧投降清朝後，就根據自己對鄭家軍的了解向清政府提出了“平賊五策”。
第一策，黃梧認為鄭成功以金門、廈門兩個小島為根據地，卻能維持那麽久而且曾好幾次打敗清軍。主要的原因，就是他的一切資源都能從大陸上得到補給。如果清政府能夠從根切斷鄭家軍的補給，他就沒有辦法再這麽頑強了。如果隻是單純的實施海禁，並不能完全斷絕鄭成功所需的補給。因為沿海的居民仍然會鋌而走險，供應他糧食、造船、武器等物資。
要杜絕這個問題最徹底的辦法是釜底抽薪，將沿海一帶的居民全部往內陸遷，讓沿海的村莊空無一人。這樣鄭成功的軍隊就隻有死路一條，不攻自滅了。在這五條建議中，最值得注意的就是遷界的建議，這是黃梧根據自身經曆而總結出來的，他認為這是對付鄭成功最厲害的法寶。後來，黃梧也因為他提出的遷界建議，被授為一等公，長期駐留在漳南。
第二策，將沿海所有的船隻全部燒毀，連一塊木板都不留下。派兵看守海岸，禁止任何人越界。這樣用不了半年，鄭成功的船隻就沒有辦法補修，他又得不到原料，自然就會逐漸腐朽不能使用。實施這兩策後，鄭成功的軍隊要要糧沒有糧，要船沒有船，不管鄭家軍人數再多、戰鬥力再強，鄭成功多有謀略，都會使他們的軍隊瓦解。
第三策，盡快搜尋鄭成功設在內陸各處的間諜網，正是由於這些嚴密的間諜網他才能得到最新最快的消息。在查處以後要嚴格處罰，使他的耳目不敢向他傳遞消息，這樣就截斷了鄭成功的軍情來源。
第四策，把鄭成功家裏的祖墳全部挖掘，這比殺他全家還要令他痛心。
第五策，在瓦解鄭家軍的力量之後，一定要把他們分別移往各省去開墾荒地，決不能讓他們聚集在一起，這樣才可以永絕後患。
黃梧的“平賊五策”環環相扣，且每個都是鄭成功的軍隊所麵臨的弱點。施琅對此也大表讚同，希望清政府能夠采納。
除了這五條建議外，黃梧還向清政府報告了鄭成功的另一特長，就是在作戰時善於挖掘隧道。
黃梧降清後，有一次鄭成功派兵來攻打清軍，使用的就是隧道戰。由於不知道防不勝防的鄭家軍又會耍什麽計謀，清軍人人自危。他們手足無措的樣子令黃梧暗自感謝好笑。黃梧故作擔憂地詢問誰有辦法對付神出鬼沒的鄭家軍。清將一個個抓耳撓腮，麵麵相覷，無人回答。
黃梧環視眾人一圈，慢慢地說道：“這有什麽難的，我給你們出個主意。”他下令讓每戶百姓把他們大大小小的盆子盛滿水放在外麵。然後派士兵日夜輪班注視盆中水的動靜。到了第三天，果然有手下來報，他駐守的附近盆裏的水微微震動。黃梧立刻推測出那裏的隧道已經快挖通了。於是連忙下令用火藥去炸，隧道中所有的鄭家軍都被炸死在洞裏。由這些可以看出，真正踩到了鄭成功痛處的是他手下的叛將。
平賊五策中最致命的還是斷絕鄭成功的糧食補給。因為鄭成功缺少廣大肥沃的土地來種植糧食，沒有糧食就難以養活龐大的軍隊，更無法支持他長期與清朝的抗戰。在先天不足的經濟條件下，唯有使盡各種手段來獲取糧食。鄭成功從永曆元年以金門和廈門為根據地開始，一直到永曆十三年（1659年）率軍北伐為止，他的活動範圍都是在浙江、福建、廣東三省的沿海地區。在這麽狹小的海岸平原上，養活近十萬的鄭家軍是非常困難的。
掌管鄭家軍財政的楊英曾記錄過，鄭成功有多次的軍事行動，都是為了奪取糧食才發動的。因為鄭成功的糧餉大都是由楊英經手，因此他描寫得最為清楚。從他的記載上看，鄭成功為取得糧食而發動的戰爭，從永曆三年（1649年）算起到永曆十五年（1661年），在這十三年之中一共發動了四十四次之多，可以說是相當的驚人！
這種缺糧的情形，一直到占領台灣後才獲得解決。鄭成功在台灣力行屯田製度，從到處掠取，演變成自給自足的局麵。
在鄭家軍和清政府的戰爭中，清政府以陸上的勝利為多，而鄭軍則以海上的勝利為主。由於清政府沒有辦法完全消滅鄭成功在海上的勢力，於是想出防堵的辦法。
福建、廣東沿海一帶丘陵起伏，從陸地向海上運輸糧食就一定要派兵接應，這是一件十分困難的事。但是鄭成功卻像是進入無人之境，來去自如，這使清政府的軍隊感到防不勝防，根本無法阻止。因此清政府的防堵政策隻好宣布失敗。
防堵這個辦法失敗後，清政府便采用了黃語提出的海禁之策。對此，清政府製定嚴格的懲罰措施。若是被查到與鄭成功私自貿易，為官的則一律革職，絕不寬假；百姓看，不管是自己與鄭軍買賣物品還是藏匿來買物品的鄭家軍，一經發現，一律處死。海禁的範圍包括：天津、山東、江蘇、浙江、福建、廣東等。
如此嚴重的刑法，使得那些地方的官員個個提心吊膽，不敢疏忽大意。這些地方官為了防止百姓偷偷出海，絞盡腦汁想盡各種方法，比如築壩、圍柵欄等。哪怕有一條船出現在海上，他們都會心驚膽戰。
海禁實施後曾在一段時間達到了不錯的效果，但是並沒有維持多久。清政府便下令實行遷界政策。遷界政策是順治十八年（1661年）六月開始實施的，清政府下令把山東到廣東沿海的百姓全部向內陸遷徙，完全斷絕鄭家軍的物資供應，使其彈盡糧絕而死。清政府特意派了兵部尚書納海到福建去執行這項任務。清政府提出這個政策的理由是為了保障沿海百姓的安全，其實是杜絕他們支援鄭成功。
清政府把沿海的居民遷走後，就把所有的村莊、田地都付之一炬，化為一片焦土，確實做到了徹底斷絕鄭成功的物資供給，但是也是因為這個政策，導致沿海的居民流離失所，怨聲載道。這些百姓被迫遠離家鄉，他們在別的地方一時無以謀生，妻離子散，境況十分悲慘。
清政府為了加強海防，耗費了大量的人力物力，在海岸處每隔一段距離就設置炮台和瞭望台，可謂用心良苦。
永曆十年（1656年）十二月，鄭芝龍又再勸鄭成功投降，被他義正詞嚴地修書拒絕了。十二月二十九日，甘輝將清政府大將阿格商在護國嶺殺死了，取得護國嶺大捷。
永曆十一年（1657年）四月，鄭成功召集文武百官，共同商議北征的計劃，最後決定進軍長江，希望先光複南京。同時修書給駐守西南的孫可望和李定國，希望他們能夠捐棄前嫌，同心合力，共同致力於光複明室的大業。
七月，鄭成功再度舉兵北征，起初非常順利，占領了仙居、海門等地。由於福建提督李率泰得知鄭成功把主力帶去北征，使得閩安兵力空虛，於是在他的指揮下奪取閩安，等到鄭成功發覺想要領兵回援的時候已經來不及了。鄭成功不得不草草結束這場戰役。
鄭成功並沒有灰心，他積極地命部下整備船隻、武器和糧食，為再次北上做準備。永曆十二年（1658年）七月鄭成功命部下帶領軍隊前往舟山駐紮。沒想到在羊山遭遇颶風，導致船隻、糧食損失嚴重，部下勸鄭成功返回廈門，鄭成功不願無功而返，便命軍隊駛往舟山去修補船隻、整頓軍隊和補充給養。
傳說，在羊山的山上盤踞著一條巨龍，如果有船隻經過一定要殺羊來祭拜，才能平安無事地通過。殺了一隻羊之後，還要放很多羊在山上用來供奉，久而久之，羊就愈來愈多，因此這個島就被稱為“羊山島”。
之後，鄭成功與部下詳細商議之後，定下北伐南京的計劃。半年之後，揮師北進，派大將黃廷、洪旭、鄭泰分別留守金門、廈門。
北伐大軍的前鋒，就是陳魁統領的鄭家軍的精銳之兵——鐵人軍。他們都是經過千挑百選、智勇雙全的勇士，一共有八千名。全身披戴有朱碧花紋的鐵甲，隻露出一雙眼睛。站在隊伍的最前麵，手執大刀，專門砍敵軍騎兵的馬腿。
除鐵人軍之外，還有海軍、步兵、騎兵各五萬，以及甲士十七萬。另外還有數萬後備兵力，船隻有八千艘。
北伐四大戰役
永曆十三年（1659年）五月13日，鄭成功率領大軍北征。當時清政府的兵力，全部調往西南抗擊李定國等明軍。在東南一帶，清軍兵力非常空虛，鄭成功認為北伐的時機到來了。如果能夠占領長江一帶，將來和李定國東西聯合，光複明室將有更大的把握。
永曆十三年（1659年），李定國在西南戰線節節失利，最後隻好渡過大金沙江，退到緬甸境內。在緬甸的赫碣，草草搭了十幾間草屋，這就是永曆帝的“宮殿”了。鄭成功得知永曆帝落魄的境況後異常悲痛，堂堂大明皇裔竟然到了結草為廬的地步。他滿懷悲憤地寫下了這首詩：
聞道吾皇賦式微，
哀哀二子首陽薇，
頻年海島無稍息，
四顧蒼茫淚自揮。
五月初四，鄭成功率領大軍直入長江。大將張煌言曾建議鄭成功先攻下崇明島，因為崇明島是一個海島，位於長江口，是由江入海的據點。一旦攻下這個地方，就可以做為鄭家軍的大本營。許多將士都認為這個建議很好，因為占據崇明島後，就可以在那裏存儲各項物資，這樣要比從金門和廈門運來方便得多。
崇明島地勢險峻，易守難攻，想要攻破就需要大量的時間。鄭成功不願意為了攻打崇明島而耗費太多的時間和精力。他想先攻打瓜州，因為瓜州是南京的門戶，如果能夠攻下瓜州，那麽崇明島也就不攻自破了。
六月十四日，鄭成功氣勢昂揚地率領大軍逼近瓜州。瓜州是南京的門戶，也是進入長江的門戶。清政府非常重視瓜州的戰略地位，早已製定了嚴密的軍事戰略，企圖攔阻鄭家軍，使他們不能順利進入長江。
清軍原本製訂的作戰計劃，是先以“滾江龍”暫時將鄭成功船隊攔阻在長江外，這時安置在各“木城”的西洋大炮，全麵發動火力攻向鄭家軍。因為鄭家軍的船隊龐大，難以及時撤退，一定會被炸得“片甲不存”，正好一舉殲滅鄭成功的力量。
鄭成功勘察過地形後，心情十分沉重，但並沒有阻止他取得勝利的決心。當時他作了這樣一首詩：
旭日東升萬壑明。
高林秋爽氣縱橫。
千峰無語閑雲過，
瀑布湍飛係我情。
兩軍交戰時，清軍先是率領滿漢騎兵一萬餘人與鄭家軍在陸地作戰。鄭家軍的張亮，趁清軍不備率領部下遊過長江。在戰爭剛剛打響的時候，就把清軍在長江的防禦工事“滾江龍”給破壞了。“滾江龍”就是清政府花費百萬兩銀子，用巨大的木頭，在鎮江與瓜州之間寬有十裏的江麵上建了一個很長的壩，這個壩上可以騎馬。清政府是用它來截斷江水，阻斷鄭家軍的船隊進入長江。障礙一除，鄭家軍的船隊，就浩浩****地進入了長江口。
鄭家軍進入長江後，大將張煌言奪下清軍設置的三座“木城”。“木城”是清軍利用砍伐下來的杉樹圍成木柵，在裏麵留有五百名士兵，四十門大炮，隻要有船經過就開炮攻擊。結果，清軍還沒來得及開炮，就被鄭家軍攻破了。
這一次的成敗關係極為重大，直接影響之後的一係列戰役。鄭成功身先士卒，部將們也以一當十，使瓜州一役大獲全勝。
勝利之後，鄭成功嚴令部下，不得驚擾當地百姓，要百姓們照常生活。
瓜州之役，旗開得勝，使鄭家軍軍心大振，鬥誌高昂。鄭成功在欣喜之餘，提筆賦詩道：
京口瓜州指顧問，
春風幾度到鍾山。
迷離綠遍江南地，
千裏懷人去不還。
瓜州之役，清軍猛烈的炮火，足以使鄭家軍粉身碎骨。但是忠勇的戰士不懼艱險，摧毀了“滾江龍”以及堅固的木城，終於獲得勝利。
鎮江在長江下遊的南岸，是一個非常重要的軍事據點，戰略地位比瓜州更加重要。鄭家軍攻下瓜州後，鄭成功想以勝利的高昂士氣直取鎮江。他認為因為用兵最重要的就是速戰速決，必須挾勝利之餘威，趁敵人來不及防備之時進攻鎮江，一鼓作氣把鎮江城拿下來。於是就向張煌言詢問他對這個決定有何看法。
張煌言的看法是，清軍雖然在瓜州戰敗，但是並沒有傷到清軍力量的根本，他們隻是暫退到蕪湖。清軍極可能會趁鄭家軍不備，從半路突擊出來。最好的辦法是，把軍隊分成兩路。先派海軍去消滅清政府在蕪湖的海軍力量。另派一支軍隊進攻鎮江，這樣就不會在中途遭受突擊，免去後顧之憂。
鄭成功很讚同張煌言的戰略。決定按照他的建議，先派他率領海軍，進攻蕪湖。六月十八日，鄭成功調集大軍，準備第二天進攻鎮江。清政府增派了萬餘人支援把守鎮江的清軍，鄭家軍也浩浩****地到來了。雙方麵對麵對峙了3天，都還沒有發動攻擊。鄭成功仔細地勘察當地的形勢，然後指揮自己的軍隊駐紮在銀山。
二十二日黎明，清軍分成五路像海水一般向駐紮在銀山的鄭家軍衝來，鎮江之役由此拉開了序幕。
當時鄭成功的兵力與清軍的比例是一比四。當清軍第一路軍隊衝上來的時候，鄭成功命令將士全部按兵不動。等清軍快要衝到鄭成功的軍隊前，隻聽他一聲令下，手拿盾牌的鐵人軍立刻衝了出來，兩個人躲在一個盾牌後麵，他們一人砍馬，一人砍人，使得清軍連人帶馬滾到山坡之下。清軍受挫後放慢了前進的速度，站在隊伍後麵的清軍都拉滿了弓，一時之間箭如雨下。但鄭家軍麵不改色，奮勇往前、以一當十，頓時屍橫遍野，而且清軍在敗退時互相踐踏，死傷之數無法估計，終於使敵人潰不成軍，紛紛逃命而去。鄭家軍在戰場上繳獲了不少的馬匹、武器、盔甲等。
鄭家軍在這次戰役中，用了一種特殊的戰法，叫做“揮白旗”。這種戰法就是，在兩軍交戰一段時間後，鄭軍中突然出現一個用力揮白旗的人，當戰士們看到白旗揮舞，就連忙分成兩路後退。假如來不及後退的，就幹脆伏倒在地上。鄭家軍的這些突如其來的動作，把清軍搞得莫名其妙。根據這些動作，清軍就會認為鄭家軍害怕畏戰了，想要逃跑。這時清軍就馬上衝過來，當他們的人馬衝到鄭軍的陣容前時，鄭家軍突然發炮轟擊，這樣一下就能打死幾千名清軍。
鄭家軍在銀山大獲全勝後，鄭成功就下令圍城，並向鎮江招降，鎮江的守城官員急忙跑到銀山去向鄭成功投降。
鎮江之役，神勇的鐵人軍充分發揮了先鋒的作用；將領周全斌雖然身負重傷，卻仍堅持揮兵前進。正是因為這些奮勇抗敵的兵將們，才又一次奪得了戰爭的勝利。
六月十六日，鄭家軍攻下瓜州、鎮江之後，就在焦山祭告天地，痛哭太祖、崇禎、隆武皇帝。這時三軍痛哭誓師，聲聞數裏，場麵非常感人。鄭成功寫了如下一首詩：
縞素臨江誓滅胡，
雄師十萬氣吞吳。
試看天塹投鞭渡，
不信中原不姓朱。
瓜州之役、鎮江之役大捷後，鄭成功召開軍事會議商討攻取南京的戰略。將領們紛紛發表自己的看法。參軍潘庚鍾的看法是，現在已經攻下了南京的門戶瓜州，暫時不必急於進攻南京，應該先在瓜州收攬民心。對南京可以先采用間諜戰，這樣會比直接進行武力戰鬥要好，還可以減少損失。
另一參軍甘輝對潘庚鍾的意見深表讚同，他又補充到，現在控製了瓜州，正好控製住南北的咽喉，使山東的清軍不能直接南下支援，而浙江方麵的清軍也不能直接北上，這樣南京就不攻而破了。
馮澄世也接著說出自己的想法，長江以南地域廣大，要直接以武力攻下許多城池並不容易。現在已經攻下了這個關鍵的地方，可以阻擋清政府南北的交通和糧食的運給。同時，我們盡最大可能招攬民心，再同李定國聯係兩軍聯合進軍，這才是萬全之策。
南京是鄭成功少年時在此遊學的地方，也是明朝舊首都，是鄭成功光複明室的關鍵點。南京不但是鄭成功北征的**，也是鄭成功反清複明的一個頂點。正是因為南京在鄭成功的心中有著非凡的意義，所以他不肯采納部下們的意見，認為兵貴神速，要直取南京。
於是，鄭成功再度召開軍事會議，商討用何種辦法進攻南京。甘輝認為既要速戰速決，就應該趁著士氣正旺、敵軍還在戰敗中沒緩過勁的情況下日夜兼程，攻取南京。但這個季節正值逆風，如果走水路到南京，一定會浪費很多時間。這樣清軍會有充分的時間準備，勝利的把握就減小了，因此由陸路到南京比較穩妥。
但是，有些將領和鄭成功並不同意甘輝的看法。他們認為當時正值酷暑，陸路行軍會使身著厚重盔甲的士兵疲憊不堪，而且又是梅雨季節，道路泥濘很難行走，還是乘船去較為妥當。
鄭成功的大軍就浩浩****地向南京進發了。快到南京時，鄭成功聽到一個非常振奮的消息。原來鄭家軍之前在瓜州之役和鎮江之役所表現出的勇猛，使守衛南京的清軍十分害怕。在鄭家軍還沒有到達南京以前，他們已經有了怯戰的心理。
鄭成功派手下把招降信係在箭上，射到南京城中。信上的大意是說，希望他們能夠主動投降，免得兩軍相抗造成重大傷亡。
南京城的提督管效忠看完鄭成功的信，就和他的部下們商討該如何對付鄭家軍。他的部下認為鄭家軍的確很厲害，而且鄭成功本人又足智多謀，現在前來支援的大軍還沒有到達，應以智取而不以力敵。管效忠又請教了江南總督鄖廷佐對付鄭成功的辦法，鄖廷佐給他出了個主意。
管效忠就將計就計，回信給鄭成功，信的大意是：“按照目前的形勢，我確實是願意投降的。但是朝廷有一個規定，凡是敵人攻城，必須堅守一個月。如果不能堅守一個月，那麽戰敗之罪就會連累父母親族。現在我的家人都在北京，希望你能給我一個月的限期，到時候我一定會開門投降的。”
參軍潘庚鍾認為分明是管效忠的緩兵之計，目的是想拖延時間，等待援兵。他之前去勘察南京城的虛實，發現裏麵根本就沒有什麽軍隊，如果現在立刻攻擊，可以一戰即勝。現在這一定是鄖廷佐知道南京城兵力單薄，所以才想出來的詭計。因此力勸鄭成功萬萬不可答應。
鄭成功卻自信地認為，清軍對鄭家軍的威力心有餘悸，一定不敢打什麽歪主意。而且清廷也確實是有這個規定，讓他不必太多疑。
潘庚鍾看到鄭成功毫不懷疑的樣子，心裏非常著急。他不明白素來足智多謀的鄭成功，竟然相信管效忠這種人的胡言亂語。攻下南京城，一直是鄭家軍多年來的目標，如今成功唾手可得，難道要因為這明顯的詐降而失敗嗎。他再次勸說鄭成功，兵法上不是一再強調，凡是喜歡說可憐話的敵人一定是有目的的。既然願意投降了就會立即投降，哪裏有等待投降的說法呢？顯然他不是真心求和，而是要等待援軍的到來啊，請您千萬不要上當。其他部將也都表示，多延遲一天，就多一份不利，要速戰速決，絕對不能再拖延下去。
不管部下怎麽苦苦相勸，鄭成功始終聽不進去，仍然堅持他自己的看法：“兵法也說，攻城為下，攻心為上。現在他既然已答應了要投降，我們也應該遵守約定。如果是他不守約，那麽錯在他，我們再攻城也不遲，而且明太祖的陵墓在南京，我怎麽能夠隨便攻打呢？”
聰明一世的鄭成功這次卻剛愎自用，徹底落入了南京提督管效忠的陷阱。
這個計謀確實很厲害，就連聰明過人的鄭成功都被他騙過了，鄭成功真的相信了他的話，沒有馬上攻打，給予清軍從容部署的機會。
在這期間，有許多地方都響應鄭成功的號召，也有好幾個縣城紛紛投效。鄭成功對這種情況非常滿意，更加認為自己的決定是正確的。然而清政府看到這個情況後，派到南京的援軍愈來愈多，防守南京的力量更加堅固了。
這時，江南提督鄖廷佐又想到一個主意。他下令將南京城外十裏左右的居民，全部遷入城內，所留物品全部燒毀，不給鄭家軍留下補給物資。同時又命令手下士兵穿著百姓的衣服，打扮成小商販，與停靠在江邊的鄭家軍做生意，暗中觀察他們的動靜，這也是向鄭成功學來的“間諜戰”。
鄖廷佐又命令一小隊人馬主動地發動了一次小規模的戰爭，故意讓鄭家軍獲得勝利。漸漸地，鄭家軍的士兵們開始誌得意滿，使他們感到攻下南京簡直是探囊取物，輕而易舉。因此他們的鬥誌愈來愈鬆懈了。
看到這種情況，甘輝焦急地勸說鄭成功，作戰貴在速戰速決，倘若拖延太久，軍心就會鬆懈甚至於瓦解。現在我們的將士都開始驕矜起來，如果大意輕敵，攻取南京就危險了。不如趁這段時間攻打其他的地方，以激勵軍士們的鬥誌。鄭成功仍然不聽勸告，他認為現在是在養精蓄銳，等待接收南京城。
長期與鄭家軍作戰，清軍已經摸透了他們的作戰方法。當援軍一到，管效忠就開始率領大軍反攻鄭家軍，他們采用側麵突擊的戰術，使鄭家軍所用的戰術失效了。大將甘輝和林勝等人一致勸告鄭成功，暫時由觀昔門撤退，以後再見機行事。鄭成功再一次沒有聽從他們的勸告，一定要將所有的兵力投入戰鬥，和清政府決一死戰。
雖然鄭家軍英勇抗敵；將領甘輝身負重傷，仍然沒有停止和敵人拚鬥，最後被俘壯烈犧牲；大將林勝和陳魁則戰死在觀音山下，另一名大將萬禮也被清軍俘虜；但是這些都扭轉不了戰爭的局勢。南京之役，鄭成功徹底失敗了。
在鄭家軍與清軍的許多次戰役中，鄭家軍的將士們即使遇到挫敗，也絕不逃跑。這麽一支忠誠勇敢的軍隊就連管效忠看了也深為感動。他感歎地說：“我經過的戰役不知道有多少次，但是從來沒有看過這樣壯烈的戰役！”
後人對這件事感到非常的惋惜。當鄭成功進軍南京的時候，清朝派軍南下支援的軍隊還沒有到達，如果立即進攻，很可能獲得全麵性的勝利。
鄭成功因沒聽從部下的勸告，導致軍隊傷亡慘重，南京之役徹底失敗後，他想要舉劍自刎，被手下勸阻了。他隻好含悲忍淚，繼續開創明日的道路。
在南京一役失敗後，鄭成功隻好率領殘餘的鄭家軍退回鎮江。當時很多大將都已陣亡，很多士兵在撤退中不知所蹤，於是鄭成功就重新整編軍隊，招攬兵員遞補缺額。
這時，正領兵占據長江上遊幾省的張煌言，派了一個和尚偷偷地給鄭成功送了一封信。勸他不要灰心喪氣，因為天下人心思漢。當務之急是招兵買馬，整編軍隊，以便日後反攻。鄭成功想起張煌言曾勸他先攻下崇明島，作為軍事大本營再攻取南京。如果當時攻下崇明島，或許還可以成為再度北伐的跳板。
鄭成功把這個想法和部下們說了，他們認為這個建議依然可行，因此就決定進軍崇明。當初鄭成功不同意先攻打崇明，就是因為這裏易守難攻。果然，這次攻打一直就不順利。
鄭成功的手下大將韓英身先士卒，隻見他迅速登上雲梯，爬上城牆，不料左腿被敵人打傷，從城牆上跌落下來。另一名大將王起俸也身負重傷，將士們仍奮力攻城。崇明的清軍守將梁化鳳死守崇明城，鄭家軍拚命猛攻很長時間還是攻不下來。韓英和王起俸的傷勢一直沒有好轉，就相繼去世了。
鄭成功眼看情勢不妙，就聽從將領周全斌的勸告，率鄭家軍先返回廈門基地再作打算。鄭成功雖然在南京之役遭到慘敗，但是他的兵力還很強盛，仍是清軍很大的威脅。這一次的崇明之役，鄭成功主要的目的就是要告訴清政府，鄭家軍不會因為南京的失敗而喪氣，他們的鬥誌依然高昂。
當時南方的人民對鄭成功的北伐都寄予很大的希望，許多人紛紛投到鄭家軍中。自從南京一戰慘敗後，瓜州和鎮江也棄守了。北伐的勝利成果全部瓦解，使得江南的百姓大為失望。
聲勢浩大的北伐就這樣以失敗而告終了，究其失敗原因有這幾方麵：
首先是由於鄭成功治軍過嚴等一些原因導致部下降清，使清政府更為徹底地了解了鄭家軍的弱點。
其次是不可預知的天氣狀況導致的。當鄭家軍浩大的軍隊從沿海行船揮師北上中，結果遭遇了羊山風暴。當時還不能解釋這種奇怪現象，但是正是這個自然災害給鄭家軍帶來了嚴重的損失，不僅船隻、糧食被毀，還貽誤了戰機。鄭成功隻得暫時停止北伐，補充物資後才重新起身。
還有極其重要的一個原因是，鄭家軍是一支善於海戰的部隊。它的優點和缺點，用一句話來概括，就是“製於海也受製於海”。他們的訓練方法、生活習慣以及所配屬的武器，都是適合於海戰的。南京之役卻完全是陸上作戰，鄭成功的軍隊當然不及清政府的騎兵部隊。再加上鄭成功沒有聽從部下的意見，有些急功近利，反而落入敵方的陷阱，喪失了戰勝的大好時機。
再一個原因就是當初在西南戰場占優勢的明將李定國與鄭成功商議好相互配合，東西夾攻，但是鄭成功卻因諸多原因沒有及時與李定國聯合起來，致使西南情勢惡化，節節敗退。當鄭成功的軍隊抵達長江之後，清政府已經把西南李定國的勢力驅逐到緬甸，這對清軍來說解除了後顧之憂。可以抽調大軍趕往東南戰場，全力對付鄭家軍。對鄭家軍來說，這就是一場硬碰硬的戰爭。這批清軍及時支援了南京，徹底扭轉了東南的戰局，北伐失敗了。當初令人興奮的北征計劃，想不到就此落幕。鄭成功上表永曆帝，希望辭掉廷平郡王的封號，仍然像以前一樣，以招討大將軍行事。