沉默的價值
傑斐遜在總統的任期之內，遇上了很多人的死亡。卡倫德的死確實讓他長長地舒了一口氣，但是他的一些老朋友，比如塞繆爾·亞當斯、埃德蒙·彭德爾頓等也都相繼去世了。而在傑斐遜競選總統的前幾個月時間，跟他同歲而且一直是如影隨形的服侍著他的老奴也去世了。
1801年裏的一段時間，傑斐遜突然患上了赤痢，他原本以為自己也要死了，就對自己的病守口如瓶，後來他堅持每天騎馬兩小時鍛煉身體，竟然痊愈了。
1804年年間，傑斐遜的二妹瑪麗在1月去世，隨後他的愛女波麗在4月也不幸去世。7月裏，艾倫·伯爾在決鬥場一槍打死了亞曆山大·漢密爾頓。1806年，喬治·威思被心狠手辣的侄孫用砒霜毒死了。1809年，趕往太平洋岸探測而成英雄人物的梅裏韋瑟·劉易斯，在一次自殺事件中也去世了。
1802年，傑斐遜的女兒瑪莎和波麗的丈夫同時都被選入國會，傑斐遜堅持讓他們住進總統府，像對待自己的兒子一樣。傑斐遜對兩個人所表現出來的敬愛也是十分滿意的。傑斐遜以內舉不避親的胸懷，竭盡所能地協助他們兩人發展事業，並以謹小慎微的方式對待兩人，與他們經常討論政治方麵的問題。傑斐遜更喜歡埃普斯多一點，因為他秉性開朗活潑，而鬱鬱寡歡的倫道夫，時不時地要使幾下他的壞點子。
1804年2月15日，波麗生下一名女嬰，也取名叫瑪莎。女兒雖然日益成長，作為母親的自己身體狀況卻每況愈下。當傑斐遜知道她的胸部長了膿瘡並且嘔吐不止的時候，他讓她丈夫一定要從蒙特沙羅帶回一些真醇的陳年雪利酒過去。他催促波麗的丈夫帶她來蒙特沙羅過夏天。奴隸們做了個擔架，非常小心地抬著這個年輕的母親，走了很長的路，爬上了小山頭。4月17日，傑斐遜的愛女波麗去世了，這時她才25歲。
1804年4月4日至5月11日，就在傑斐遜返家探視波麗病情期間，薩莉·赫明斯又懷了另一個孩子，並在1805年1月19日生下了一個兒子。
1804年7月11日，傑斐遜的副總統艾倫·伯爾決定和亞曆山大·漢密爾頓來一場決鬥。伯爾一槍射穿了漢密爾頓的肝髒和脊骨。漢密爾頓在中槍30小時之後死亡，這個消息立刻像炸了鍋般地四處傳開，驚動了全國。很多人都知道，決鬥是違反紐約的法律的，無論是要求或是接受決鬥，都算犯法，可以判處剝奪權利長達20年。更為嘲諷的是，漢密爾頓自己還曾經大力協助通過這項民事法律。漢密爾頓是在自己的事業、家庭都下滑的情況下接受伯爾的挑戰的。兩人是因為漢密爾頓揭發伯爾的瘡疤而起的爭執。這樣伯爾的政治前途，隨著漢密爾頓的死結束了。
1804年選舉總統時，傑斐遜的競選夥伴是喬治·克林頓，這個人又老又病，不是傑斐遜的對手，而且連麥迪遜的對手都當不成。本來，傑斐遜是打算要讓麥迪遜繼承自己衣缽的。但是這次選舉，176張選票裏，傑斐遜自己就贏得了162張。
傑斐遜從小接受的教養就是沉默勝於攻擊，所謂病從口入禍從口出，漢密爾頓的嘴讓自己送了命，更證明了沉默的價值，尤其是對於別人的惡意毀謗，保持緘默是很好的辦法。傑斐遜對於決鬥的事沒有發表任何意見。
1806年6月4日，傑斐遜接到裏士滿友人的來信，說他的老師威思一家，在吃草莓喝咖啡的時候，被他的侄孫用砒霜毒害了。這“一家”指的是威思、他黑白混血的女奴，還有女奴的兒子邁可·布朗。威思在遺囑中，把半數的銀行存款給了邁可，並指定傑斐遜為執行人，負責這孩子的撫養、教育和其他事項。他還遺贈給傑斐遜兩隻銀杯、自己的金頭手杖，還有全部上好的藏書。邁可死了，他媽媽獲救，威思自己在說出中毒真相之後去世了。威思公然地遺贈屋產給自己的混血管家，把銀行積蓄給混血管家的黃皮膚兒子，又把他的教養托付給傑斐遜。這種舉動明顯是告訴整個美國，傑斐遜是孩子的父親。弗吉尼亞的白人因此十分震驚，當時弗吉尼亞法律是不許黑人為白人作證的，威思侄孫的罪因此而開脫。
這件事情也是對傑斐遜的一種公開的警告。弗吉尼亞白人最痛恨的就是白人依法接納承認自己的黃皮膚孩子了。如果傑斐遜曾經在什麽時候想過，要讓薩莉的孩子平等地享受權利，這件下毒的事情，就再度把他拉回現實當中。顯而易見的是，如果想要使這些孩子能過上自由自在的生活，隻有一種可行的方法，那就是想辦法讓他們受教育，並且讓他們以白人的身份進入白人的社會。威思被毒害的時候，薩莉33歲，傑斐遜已經有63歲。他從此對薩莉一家就更緘默守秘了。
1805年間，前副總統伯爾因為決鬥事件而不得不打算結束他的政壇生涯，但是他與英政府密謀，想發兵侵占華盛頓，刺殺傑斐遜。伯爾打算建立一個西部聯盟，並且去往墨西哥，推翻西班牙人的統治，而後在那裏稱帝。但是，事情馬上就敗露了，傑斐遜在1806年11月27日發出通告，呼籲人民協助平亂，伯爾被捕入獄。但是經過審判之後，他竟然無罪釋放了。
傑斐遜一直向往著和平。他靈巧地維持著黨內的和平，並且巧妙處理了麥迪遜與門羅之間裂痕的擴大，更是避免了共和黨一分為二。傑斐遜在總統任期之內，一直都是實行和平地購買與協商的政策，並且盡量避免與印第安人開戰。傑斐遜不僅不以戰爭為戰績驕傲，同時他還不屈不撓地尋求其他的方式以達到政治和平的目的。對和平的期盼融入了傑斐遜的公開生活，對寧靜的希望也走進了他的私人生活，而理智與冷靜更是他做事的標準。
1802年，《亞眠和約》被廢棄，傑斐遜從一開始就決定在法國與英國之間保持中立。他以前對法國的同情現在已經完全改變了。1804年，拿破侖加冕稱帝，這讓傑斐遜十分憎惡，覺得這是獨裁統治。
1807年6月23日，美國開往地中海的戰艦“切薩皮克號”，在漢普登碼頭外遇到英艦“豹號”的攔截，英艦要求上船搜索叛逃的英國水手，但是遭到拒絕，於是英船炮轟“切薩皮克號”。美國戰艦在一時間沒有還擊的情況下，被擊中了3炮，3人死亡，18人受傷，“切薩皮克號”隻好投降，結果英軍帶走了1名英國的逃兵和3名美國人。
這時候，傑斐遜如果宣戰，全國人民一定都會支持他，從獨立革命的萊克星頓戰役以來，全國從沒有這樣激動憤慨過了。傑斐遜命令英國戰船遠離美國的水域，並警告各州州長召集民兵，下令建造更多小型的、防禦性的戰船，並且馬上召開國會，可是大會的日期卻是在三個月之後。這一年的7月底，傑斐遜輕鬆愉快地返回了蒙特沙羅。
傑斐遜經常回家長住， 這早已經遭到非議，但是傑斐遜說自己在蒙特沙羅的工作要比在華盛頓還要努力。傑斐遜認為，宣戰隻會讓英國的海軍戰艦開往美國海岸，他可沒想讓新奧爾良落到英軍的手裏。但是麵臨著英軍日漸猖狂的劫奪行為，要想保持中立並不是一件容易的事。英國不僅加緊控製駛往法國的船隻，而且延伸到美國。
1806年11月，英國通知所有美國的船隻都要先到英國領取執照，否則在海上就可以成為他們劫掠的對象，即使是開往西印度群島的船隻，也適用這項通令。同時，英國增加棉花的稅務，讓美國蒙受了很大的損失。美國的船隻不遵從通令的，沒收充入英國海軍，而美國的船員就被打入英國的地牢。法國的拿破侖也同時對英國港口宣布反封鎖，同樣延伸到了美國。於是傑斐遜的海員們就陷入兩麵受敵的境況中。
傑斐遜覺得，現在他隻有三個選擇了：戰爭、臣服納貢，或者單方麵的英、美貨物的禁運。1808年，這時的傑斐遜是65歲，但是他的身心都沒有老化，他從沒有想過利用這種爆炸性的國際形勢，讓使自己在位長久一點，或是證明自己的雄勁威武。
1806年11月，傑斐遜再度巧妙地說服國會，通過一項禁運的法案，而不必宣戰。他希望以這個方式，讓海上的兩萬至三萬的美國船員都回到家鄉，讓他們和2000艘船隻還有8000萬美元的船貨一起受到國家的保護。其次，傑斐遜計劃試行戰時經濟製裁，希望能夠牽製住英國的經濟，逼迫英國政府撤銷頒布的通令。他希望以這種方式來避免人民卷入所謂的亂戰之中。
禁運這種手段，不僅僅是威力強大的一個經濟武器，也是從國際間退守孤立的重大保障。傑斐遜希望禁運之後，本國自己的製造品能夠應運而生，用來取代英國的產品，這一項的確是做到了，從此國內的農產品達到了自給自足的狀態。後來，全國其他行業也都轉成小工廠的經營，全國得以堅定地獨立著。這樣可以避免不去蹚結盟締約的渾水，而且美國要在經濟與地理位置的孤立中繼續頑強生存。當然，傑斐遜從開始知道要實施禁運，是要付出一定代價的，但是傑斐遜認為，暫時的劣境可以避免國人陷入更危險的情況，而事實證明他確實是對的。
禁運在1809年3月被廢止，這時傑斐遜還沒有離任。之後，除了英、法兩國，所有的貿易重新開啟，這樣就使麥迪遜的新政府不用再為了什麽去低聲下氣地討價還價了。隻是，麥迪遜不知道，當他顫抖著雙手在國會裏要求宣戰的時候，英國政府已經向美國的這種“經濟武器”投降，已經撤銷了通令。但是當時通信科技沒有這麽發達，要不然就不會有戰事的發生了。