屢屢受挫

如果，傑斐遜一直按照他的這種歸隱或者沉睡的方式生活下去，可能他一輩子都不會了解戰爭的殘酷，可是，他就快要醒過來了。

傑斐遜自己並沒有親身參與革命的軍事行動，他對軍史或軍事策略沒什麽興趣，他當時就隻是個建設家、教育家、立法家和植樹家。如果硬要他去侵略別人，去搶奪別人的財物，燒毀別人的房屋，他也不會。雖然，傑斐遜心中是十分痛恨擁英派的，但在出任弗吉尼亞戰時總督的時候，他卻下令不得對那些擁英人士羞辱或侮慢。

1779年6月，傑斐遜膺選為弗吉尼亞戰時總督，這是他一生中的大不幸。本來5月初他就提出要退休，就有很多政壇人士怪他這麽年輕就要舒舒服服退隱，不管天下大事。就因為有著這樣的壓力，傑斐遜才沒有反對提名他角逐總督的職務。

傑斐遜的運氣不好，剛上任的時候，英軍已經把主力移往南部，拿下了樸茨茅斯，在弗吉尼亞的岸上劫掠了16天。傑斐遜擁有50000名國民兵的兵源，可用的毛瑟槍卻僅4000支，而弗吉尼亞正規軍又需不斷地招兵買馬，補充軍需以抗英軍，這下可讓他不知所措。弗吉尼亞像其他各州一樣通貨膨脹，農民反對納稅，反對民兵的征召超過兩個月。而當傑斐遜就職後第一年夏天，當時的農作物嚴重歉收，一群擁英的叛黨又在西南部蠢蠢欲動。他當總督的兩年裏，是他一生事業中唯一最大的失敗。

弗吉尼亞的憲法很大程度上阻礙了行政的效率。傑斐遜到了第二任的時候才有權召集民兵，而不用擔心必須征求八人會議的同意。為遏止通貨膨脹，並使軍人的所得有實際的價值，他製定了一套以小麥和煙草抵稅的方法，並實行新貨幣，後來新舊兩種貨幣並行，新貨幣並不比舊的價值高。

傑斐遜本來打算在詹姆斯河附近建立兵工廠，卻因無法自法國請來技術人員而最終沒有實現。傑斐遜本以為依賴民兵保衛鄉村應該沒有什麽問題，誰知道他們上了戰場就個個驚慌不已，屢戰屢敗。

雖然他們常常吃敗仗，但是在傑斐遜的帶領下，仍舊遏阻了英軍的攻勢，並成功對付了擁英派的反革命。傑斐遜雖然對軍事不感興趣，但是他有時候也會提出很好的戰略見解，他相信英軍越是猛烈的進攻，就越能加強殖民地人民反抗的意誌。他輕易地平撫了蒙哥馬利郡擁英派與肯塔基脫離派的暴動，並使喬治·羅斯的英軍人數銳減、計劃失敗。

傑斐遜擔任總督的任期內，還有一種特殊的現象，就是傑斐遜對使用黑人軍隊的態度。最初鄧莫爾爵士宣稱，凡加入英軍的黑奴一律許以自由的時候，曾使華盛頓十分緊張。不過，新英格蘭已經逐步訓練黑人部隊，羅德島也很快就有了所謂的“黑人大隊”，然後，馬薩諸塞州對於入伍的黑奴也給予自由，並給黑人奴隸主適當的賠償。後來，紐約州用土地來抵償，甚至於馬裏蘭州在1777年以後，也開始準許黑奴參軍。而賓夕法尼亞州，在本傑明·富蘭克林與托馬斯·潘恩的倡導下，在1780年3月1日，頒布了全麵解放黑奴的命令，宣布以後出生的黑人孩子，到了28歲都可以獲得自由。華盛頓後來也十分器重黑人部隊，不會擔心他們反叛，而且還鼓勵聰穎的年輕上校約翰·羅倫斯在南部組織黑人軍隊，並在1779年3月22日，通過大陸議會的建議，開始在南卡羅來納州和佐治亞州招募黑人部隊3000名，奴隸主每名奴隸可獲1000美元的補償。

可惜的是，弗吉尼亞州自始至終從沒有正式允許黑人參軍。後來當黑奴的問題變得十分強烈的時候，州議會隻是授權可以購買黑奴作為勞工，與民兵一起作戰。可是由於給奴隸主的錢財不多，所以大部分奴隸主都不願出售。結果弗吉尼亞州議會不僅不招訓黑奴並許給他們自由，賠償奴隸主，卻在1780年10月議決，隻要是白人參軍服役到戰事終了的，可以給予45英畝的土地，外加一名年齡在10歲到30歲之間的健康誠實的黑奴，或者價值60英鎊的金銀。

由於訓練民兵的困難與日俱增，傑斐遜在1781年5月10日請求議會製定法規，征用男性黑人勞工加入軍隊。雖然傑斐遜對於黑奴使用武器感到不安，但是由於他的請求，卻使弗吉尼亞參訓的黑奴多於其他各州，而僅次於新英格蘭。當大批弗吉尼亞黑奴投奔到英軍的時候，其中也有傑斐遜的22名奴隸，傑斐遜毫不避諱地在《農事錄》上記下他們：“加入敵軍。”還有些是被擄走的。後來，傑斐遜家中逃走的22名奴隸，其中死了12個，回來的6個當中又死了4個，死因都是感染了“營房熱”或者“天花”，這些傑斐遜都冷靜地詳記在《農事錄》裏。他對於自家奴隸的逃亡一定是非常憤怒的，可是他又不敢建議議會，鼓勵黑奴留下參軍並給予自由，在《弗吉尼亞紀事》中，他就提到讓黑人參軍、給他自由與補償奴隸主，要比用一名健康的黑奴來賄賂白人參軍好得多。可見他是多麽的矛盾。

傑斐遜在擔任總督的政治生涯中，還是會遭遇到家庭的不幸。夫人瑪莎勉強帶了女兒瑪莎與波麗，隨他一起住進了威廉斯堡總督的房舍，但是因為這個地方也很容易受到英軍的攻擊，隨後傑斐遜把州政府遷往內陸的裏士滿，他一家人帶著幾個蒙特沙羅來的奴隸，便安頓在他叔父的一棟磚房裏。

1780年年初，瑪莎又懷孕了。在這次的懷孕過程中，妻子曾經長期臥病不起，這讓傑斐遜感到十分擔憂和焦慮，因此傑斐遜想要退辭總督的職位。

1780年11月裏，傑斐遜開始抽出時間詳細回答了法國政府詢問的有關弗吉尼亞州的曆史、商業、農業與人民的情形，這便是他寫《弗吉尼亞紀事》的由來。而就在11月20日晚上10點45分，傑斐遜的女兒露西·伊麗莎白出世了。

1780年12月，一列英國艦隊帶著步兵與輕騎兵剛剛離開紐約，往南方進發。一時，弗吉尼亞已經停了27艘英國戰艦。而傑斐遜對當前的情況十分樂觀，他派民兵隊長托馬斯·納爾遜將軍前往海岸迎敵，自己卻整整等了兩天才召集議員開會，到下達命令召集4600名民兵的時候，已經是第二年的1月2日了。

英軍將領是叛國的本尼迪克特·阿諾德，他借著難得的順風，沿著詹姆斯河逆流而上，在韋斯托弗放下了1500人，開始展開了方圓66英裏的大攻擊，製粉廠、鑄造廠、戰略物資、州政府文件等都被焚毀，無一幸免。臨走之時，他們還將弗吉尼亞民兵拋入詹姆斯河的5具大炮，也撈上來帶走了。幸好，他們沒有俘虜到傑斐遜，而為了安全起見，傑斐遜已經把妻女送到吐卡霍去了。他自己騎著馬，狂亂地在戰場上找尋最後才任命的民兵隊長貝隆·凡·史都本，想和他取得聯係。這次的大慘敗，嚇壞了弗吉尼亞人，更羞辱了傑斐遜，也永遠讓他這個戰時總督抬不起頭來。

他寫了封信給華盛頓坦言失敗，華盛頓並沒有深究，隻是派了1200名常備兵前來弗吉尼亞，由拉法耶特統率。

拉法耶特在1781年3月16日抵達威廉斯堡，本來可以將阿諾德圍困於海峽之上，卻因法國艦隊沒能夠如約而來，因此功敗垂成，使弗吉尼亞在4月裏再度遭受攻擊。在這次進擊之前，傑斐遜已經決定於第二任任期屆滿的6月2日，退隱回家。他的信心雖然因為阿諾德有所動搖，但在4月14日寫出去的10封信中，卻沒有一封是悲觀絕望的。

4月15日，傑斐遜那個有4個半月大的女兒露西·伊麗莎白也不幸死去了，這一天，他沒有召開議會。他的妻子瑪莎對於女兒的死也是十分悲痛，同時自己的健康情況也很不樂觀。

最讓傑斐遜意想不到的是，他還沒來得及在6月2日宣布退隱，就在4月18日，又有一支新的英國部隊，總共2300人，在詹姆斯河口登陸，同時阿諾德又回來了，和他一道的還有威廉·菲利普少將，此人身為戰俘時，曾受傑斐遜特別的款待，後來因交換戰俘而重返英軍。康瓦利的軍隊這時正由北卡羅來納緩慢往上推移，企圖與菲利普會師，殲滅拉法耶特。

拉法耶特這時隻有900名常備軍，所幸有2000支毛瑟槍這時正好由北方運到，他明智地避免與英軍直接交鋒，在裏士滿附近占據了一個戰略位置，使得裏士滿避免了第二次遭受英軍的劫掠。

1781年5月20日，康瓦利與菲利普終於在彼得堡會師，這時候英軍人數達到7000人，而拉法耶特的軍隊加上增援的賓夕法尼亞常備軍，充其量不過3000人。傑斐遜寫了封絕望的信給華盛頓，請他親自前來坐鎮，以安人心，並說將會在三天之內，把自己的職位移交給更幹練的人。華盛頓隻是回信稱讚他反應敏捷，對革命忠誠，並且還暗示他法軍有所計劃，這將可能讓英軍撒離出弗吉尼亞。

5月28日，傑斐遜接到議會的一份報告，指責弗吉尼亞政府聽任兵員叛逃而不處置，法律規章廢而不施行，沒能夠訓練民兵等。這份報告雖然沒有指名道姓，但是明顯指的就是傑斐遜。

6月2日，傑斐遜在蒙特沙羅，家裏還來了幾位議員。由於這天是星期六，因此總督的選舉推遲兩天，正好讓他依舊在位，接受最後的羞辱。

天剛蒙蒙亮，傑斐遜被一個人叫醒了。據他說，當時他正在酒店喝酒，但是突然聽到有人談論一支英國騎兵正打算奪下議會，並計劃活捉傑斐遜。於是，他趕緊連夜騎馬穿過森林警告傑斐遜。傑斐遜聽了之後，一邊派人把妻女和朋友轉移到了安全的地方，一邊毫不緊張地吃著早飯，還時不時地用望遠鏡觀察前方敵情。等到傑斐遜看到那支英國騎兵開始爬登蒙特沙羅的時候，他才悠閑地騎著馬穿過了樹林，朝著卡特山逃命了。傑斐遜處理這件事情很沉著，而且可以說是勇敢，隻是因為他逃往了卡特山，就被之後的政敵嘲諷為在軍事上軟弱膽怯。其實，傑斐遜在將要離開他迷戀的蒙特沙羅時，心中很是痛楚。他心想，當他再回到此地，一定是所有都化成灰燼了。讓人沒有想到的是，帶領這支騎兵的首領不知道是什麽原因，命令手下的士兵對所有房屋和內部的設施甚至包括裏麵的奴隸，都不能有絲毫的傷害。

雖然當時的大元帥華盛頓很寬容地原諒並且允許傑斐遜退隱，但是他在弗吉尼亞議會裏的政敵仍舊不肯放過他，在抨擊和質疑傑斐遜之後，還在1781年6月12日通過了議會，去調查傑斐遜在總督期內的那些不力的作為。傑斐遜隻好心力交瘁地帶著一家人，隱居在白楊林的農場。這個地方距離蒙特沙羅有90英裏，而且不會受到英軍的攻擊。

即使是這樣，大陸議會覺得傑斐遜退辭總督的職位是應當情有可原，並且抓住了這個機會，在1781年6月14日，推選他與約翰·亞當斯、約翰·傑伊、約翰·羅倫斯，以及本傑明·富蘭克林等人為全權大使，讓他們設法爭取俄國女皇的戰爭調停旨意，以謀求和平。

傑斐遜向往歐洲已經很多年了，他早就希望親自去看看那裏的科學、藝術、文化進步的情況。他再三考慮了四個星期，但最後還是婉言拒絕了，因為他的妻子身體一直不是很好。他寫信給他的親戚埃德蒙·倫道夫說自己計劃從此退出政壇，過歸隱生活，從此打算和家人、書本為伴。

但是，傑斐遜這次退出政壇和計劃歸隱的決定，並沒有給他帶來解脫的愉悅，反而給他留下了深深的懺悔。