獨立戰爭開始

1775年，傑斐遜被選入“大陸議會”，他動身趕往費城，並在6月21日抵達。此時華盛頓剛剛被推舉為“大陸軍”的最高統帥。華盛頓曾經盡力推辭過統帥的職務而沒有成功，他表示十分不願離開自己的家，怎奈大家都很相信他的能力，要把重任托付給他，也許這是命中注定要他替國人服務，希望自己接受了這個職務之後，能夠不辜負國人的期望。華盛頓比傑斐遜大11歲，是傑斐遜心目中的英雄，他在對法國人與印第安人的戰爭中，出生入死，戰績驕人。當華盛頓帶著一個分隊的民兵動身前往波士頓時，傑斐遜曾騎馬相送，一路上為華盛頓鼓號，場麵很是感人。

傑斐遜在這個時候，第一次成為革命的核心人物之一。他有幸見到了本傑明·富蘭克林、約翰·亞當斯、約翰·漢考克，還有許多議會裏的元老。

羅得島州的代表塞繆爾·沃德眼中的傑斐遜看起來很通達，聰慧而又優雅，從他所寫的那本《論武裝的必要》（《概述》）小冊子中就能看出來。後來，傑斐遜與富蘭克林、約翰·亞當斯共同起草“雷諾茲爵士建議和解的會議決議案”。傑斐遜和富蘭克林一樣，幾乎從來不參加公開的辯論，但是他的才能仍然讓很多人佩服。

傑斐遜這時32歲，是“大陸議會”裏第二年輕的。自此他仍舊勤奮不懈，但是他仍會感覺自己無足輕重，但是比他大的同僚們卻不這麽認為。約翰·亞當斯在1775年10月25日的日記上說：“傑斐遜十分特殊，他曾學過法文、意大利文、西班牙文，又想學德文。傑斐遜在議會裏以他的文學和科學的素養著稱，而且還善於寫作，他在議會上的談話中，表現得十分敏捷、真誠、坦白而又果斷……因此他深深抓住了我的心。”從此他倆就展開了政治史上一段感人的友情。

1775年年初時，傑斐遜的政治熱情度突然變得搖擺不定，並且在1776年9月2日辭去國會的職務。當傑斐遜回到家中的時候，隻有18個月大的小女兒剛好不幸死去，這更使他不忍心離開愛妻。雖然佩頓·倫道夫等人的妻子都隨著丈夫長途跋涉，來到革命的中心地，傑斐遜卻深深知道自己妻子的身體一直不是很好，而沿海英軍的進攻，發生戰事的可能性很大，不能叫她陪著自己上費城去。結果妻子瑪莎到妹妹伊麗莎白·埃普斯的家中住了幾星期，她家在查爾斯城，比蒙特沙羅更靠近海，更靠近英國戰艦。在如此傷心的時刻，她沒有尋求丈夫的安慰，反倒去求助妹妹，很可能她對費城的事情和費城所代表的意義，絲毫沒有興趣。

傑斐遜回到家後，卻發現家鄉發生了很大的變化。威廉·倫道夫家的親戚，已經為了革命的爭論而分裂了。母親的親人約翰·倫道夫是弗吉尼亞的檢察長，他認為弗吉尼亞人是想叛國了，十分憤怒，就將家產全部賣了，帶著一家老小去往英國。

約翰·倫道夫同傑斐遜之間原來簽有一項友好的文契，說明了傑斐遜若先去世，由倫道夫繼承傑斐遜收藏的價值大約100鎊的書，要是倫道夫先去世了，就由傑斐遜繼承他的小提琴和樂譜。現在倫道夫馬上要到英國去，於是在傑斐遜的建議下，倫道夫以13鎊的價錢把琴讓給了他。倫道夫那正值青春年少而且熱血沸騰的小兒子埃蒙德說什麽也不肯隨著父親去英國。佩頓·倫道夫現在是大陸議會的代言人，而且是革命運動的先鋒人物，表示願意收養他做自己的兒子。

在約翰·倫道夫去英國後不久，傑斐遜與佩頓·倫道夫在費城外一家餐館裏用餐，佩頓突然全身麻痹，在5小時之後就不幸去世了。傑斐遜所有親人當中，此人是他最親近且近似於父親的長輩，他後來說，倫道夫、威思和斯莫爾博士，是影響他一生最多的良師益友。

鄧莫爾爵士除了威脅要炸毀大西洋沿岸之外，且還讓人謠傳，對於逃離叛黨主人而加入英軍的黑奴，鄧莫爾一律讓他獲得自由，並且鼓勵黑奴大肆叛變，這事使得傑斐遜為難而又不安。如果這些黑奴願意參軍並且獲得自由，兩周之內，佐治亞和南卡羅來納這兩省就會有兩萬的黑奴加入。而這些黑人之間有很好的傳遞消息的方法，相信一兩個星期之內，消息就可以傳遍數百英裏。

傑斐遜一直每個星期都要給妻子寫一封信，但是1775年9月30日到11月7日之間，卻收不到妻子和她在查爾斯城親戚的一些隻言片語，因此他變得焦慮不安。

1775年11月7日，鄧莫爾爵士正式宣告，隻要是加入“皇家部隊”的黑人，一律將給予自由。12月初，鄧莫爾已經有300名穿上軍服的黑奴。每人胸前都有“給奴隸以自由”的字樣。傑斐遜聽說英軍逆流而上，在農莊燒殺搶掠，並使盡一切方法引誘黑奴，弄得殖民地人人自危，就催促妻子和她的妹妹埃普斯一家搬往內陸，並答應同他們會合。雖然大陸議會決定不休會，傑斐遜仍然於1775年12月28日，悄悄返回蒙特沙羅。

然而此時，讓人吃驚的事情發生了，傑斐遜竟然有四個月不見蹤影。1776年2月4日，弗吉尼亞另一個代表和好友小托馬斯·納爾遜，寫信要傑斐遜帶瑪莎到費城去，並說她要趁此注射天花預防針的話，他的太太可以照顧她。傑斐遜連著三個多月沒有回信。等他再回到費城時，納爾遜已經走了，當時傑斐遜隻是簡單地寫了幾句話給納爾遜：“妻子沒能和我一起來，我仍然是十分的緊張與焦慮。”

到底是什麽事讓傑斐遜與外界隔絕並一點消息都沒有呢？

1776年元旦，華盛頓已經升起了新的美國國旗；國會並已授權本尼迪克特·阿諾德率兵進擊加拿大，戰勢正在高漲。1776年，傑斐遜的蒙特沙羅正是春季種植的好時期，但是他在《園藝簿》上卻一樣也沒記。他在《自傳》裏麵也跳過了1775年7月22日至1776年5月15日的這一段時間，使他在政治生涯上的這一段經曆成為一個謎。

有人認為，傑斐遜從來無法長久而持續地從事政治工作，並覺得他之所以屢次返回蒙特沙羅，都是為了喘息以求複蘇。這話當然很有道理，但值得注意的是，他返回蒙特沙羅的時候，也多半是他遭受劇烈衝擊的時候。在這段期間裏，他隻寫了一篇論述：《駁〈殖民地係建立於英國的犧牲上〉》，其中對英王的攻擊，態度曖昧，文章的層次散亂不清，而且含混其辭。這也許是傑斐遜家裏的人害怕他會犯下政治上的大錯，更也許是傑斐遜他自己害怕革命失敗會造成一家人的損失，所以銷聲匿跡了一段時間。

與此同時，華盛頓已經打了一場鼓舞人心的勝仗，進軍溫切斯特高地，迫使英軍撤出了波士頓。炮聲隆隆不停，人們的心緒也不能平靜，都等待著獨立的這一天。而這消息和情緒很快就傳遍了整個弗吉尼亞州。他的朋友約翰·佩奇當時還不知道傑斐遜已經離開大陸議會，在1776年4月6日讓他起草宣布獨立的文件，但是，幾星期過去了，傑斐遜仍然沒有返回到費城，朋友們都認為，他如果沒有成為擁英派，就是對妻子割舍不下。

這一年的3月底，就在他準備回費城的時候，母親卻意外發病，一小時之後去世了。傑斐遜嚴重的頭疼病發作，這一耽擱又是六個星期。傑斐遜一生幾次劇烈的頭痛，以這一次時間最長，那劇烈的疼痛每天清晨就開始，到了晚上還在隱隱作痛。傑斐遜的頭痛斷斷續續地發作著，直到他離開總統職位以後，才算完全消失。

傑斐遜動身去費城之前，像個謹慎的丈夫一樣記下了他欠人家的錢和人家欠他的錢，還給了太太10英鎊，這些他都匆匆地記在賬冊裏麵。

回到費城後，一連六個星期，傑斐遜一口氣寫了很多東西，這是他一生當中作品最可觀的時期。從1776年5月17日至6月28日，他寫了兩篇十分著名的政治文件：《弗吉尼亞憲法》和《獨立宣言》。他的疲倦消失了，他對革命的質疑和矛盾也徹底沒有了，他煥然一新，成為人們認識的傑斐遜。

弗吉尼亞的憲法包含了大部分傑斐遜一生主要的政治原則——人民有權反對集權統治、全民投票是重要的、西部應由獨立的農民自由開發、給予印第安人合理的待遇、廢除長子繼承製與限定繼承製、由民選的代表控製軍權等。這樣精密而複雜的政治構想，傑斐遜一定經過了多年的深思熟慮才能寫出。

傑斐遜回到費城後獲悉要重寫弗吉尼亞憲法，要重新訂定弗吉尼亞的政治結構，不禁大為憂慮。雖然他得到消息比較遲，但他還是立即寫信給小托馬斯·納爾遜，暗示他，要他解除自己在議會裏的任務，以便去威廉斯堡參與製定新憲法的工作。

傑斐遜認為，弗吉尼亞如果不能有個好政府，又怎麽能跟英國打這一仗呢？但是他的請求沒有被批準。即使這樣，傑斐遜依然在13天之內寫好了三個草案，和喬治·威思一起把最後一個草案送往威廉斯堡。但是他們太晚了。製憲會議已經采用約翰·亞當斯、喬治·梅森和理查德·亨利·李所起草的憲法，不過他們還是重開辯論，加入了傑斐遜起草的草案。

傑斐遜在修訂憲法行動中，沒有掌握住時間，這充分表明了，在他那四個月不見蹤影的時間裏，不是像他朋友所想的是在平靜地享受家庭的生活，更不是借此機會苦心積慮地計劃憲法，而應該是他本人有著很強烈的矛盾，以至於他真正暫時放下了革命。母親的死，對傑斐遜來說，或許是一種解脫，這也代表著最後的“獨立”。這就像他平時最喜歡說的一句話：“保持獨立，維持公正，哪怕天塌下來！”