徹底辭去一切事務
新學期即將到來，西南聯大在昆明西北三分寺附近購置了100 多畝地，建蓋了100 多間教室和宿舍。雖然校舍比較簡陋，但總算能夠滿足集中辦學的需求了。於是，蒙自分校的師生們紛紛搬回了昆明上課。
9 月3 日，朱自清一家也從蒙自搬回了昆明。然而，突如其來的災難再次打亂了西南聯大的開學計劃。9 月28 日，昆明遭到日機空襲，西南聯大租借的教職員宿舍都被炸毀了，死傷者無數，其中還有少數學生。朱自清親眼看到無數死者橫臥地上，場麵異常慘烈。
但是，日軍暴行並未讓西南聯大師生們感到膽怯。為了更好地肩負起時代使命，彰顯師生對抗戰必勝的決心，學校在10月初成立了編寫校歌委員會。羅庸、朱自清、聞一多、馮友蘭等都是該會的成員，幾經錘煉之後，一曲莊嚴凝重卻又**氣回腸的《西南聯大校歌》寫成了：
萬裏長征，辭卻了五朝宮闕。暫駐足衡山湘水，又成離別。絕徼移栽楨幹質，九州遍灑黎元血。盡笳吹弦誦在山城，情彌切。
千秋恥，終當雪，中興業，須人傑。便一成三戶，壯懷難折。多難殷憂新國運，動心忍性希前哲。待驅除仇寇複神京，還燕碣。
在師生們的共同努力下，學校漸漸步入正軌。11 月8 日新學期正式開始了。這學期朱自清開講“文學批評”一課，由準備充分，材料豐富，所以這門課深受學生們的歡迎。雖然不時要遭受敵機的突然轟炸，生活上也很是艱難，可是在教上朱自清還是本著一貫認真的精神，他絕不會因生活動亂而半點馬虎。
朱自清連日都忙於指導學生選課，批改學生作業，因此每天都要堅持到夜裏12 點以後才能休息。有一次，由於飲不慎，朱自清得了嚴重的痢疾，但是考慮到已經答應學生第天上課要發作文，他還是決定連夜批改了學生們的文章。
在當時，妻子陳竹隱勸他休息，他隻是說：“我答應明天給學生的。”
陳竹隱沒有辦法，隻好在他書桌邊放個馬桶。朱自清就樣整整批改了一夜，他這一夜間共腹瀉了30 多次。天亮後，陳隱眼中的丈夫已經是臉色蠟黃，眼窩凹陷，人都脫了相。但是朱自清卻連臉都沒來得及洗，提起書包就去給學生上課了。
在搞好教學與學術研究的同時，朱自清始終熱切地關注抗戰局勢。雖然抗戰形勢異常艱苦，但是台兒莊大捷、平型戰役勝利的好消息大大鼓舞了全國人民的抗日熱情。
朱自清也對局勢充滿了信心，“中華全國文藝界抗敵協會在武漢成立時，他被推為理事，於是他努力從事抗戰文藝運動後來，雲南分會在昆明召開，他和吳晗、楊振聲等出席會議，且堅決擁護長期抗戰的國策。
1939 年7 月7 日，轉眼間全麵抗戰已經持續兩年了。昆明各界紛紛舉行抗戰紀念活動，朱自清連夜寫了短文《這一天》，熱情謳歌新中國誕生的日子，他激動地寫道：這一天是我們新中國誕生的日子。
……
從前隻知道我們是文化的古國，我們自己隻能有意無意的誇耀我們的老，世界也隻有意無意的誇獎我們的老。
同時我們不能不自傷老大，自傷老弱；世界也無視我們這老大的老弱的中國。中國幾乎成了一個曆史上的或地理上的名詞。
從兩年前這一天起，我們驚奇我們也能和東亞的強敵抗戰，我們也能迅速的現代化，迎頭趕上去。世界也刮目相看，東亞病夫居然奮起了，睡獅果然醒了。從前隻是一大塊沃土，一大盤散沙的死中國，現在是有血有肉的活中國了……
接著他高呼：
我們不但有光榮的古代，而且有光榮的現代；不但有光榮的現代，而且有光榮的將來無窮的世代。新中國在血光中成長了。
由於昆明經常遭到空襲，安全得不到保障，所以朱自清便和幾位教師移居在城外北郊的梨園村。這一學期，朱自清開始給學生講“宋詩”，他每次的講解十分詳細生動，因此學生們都非常喜愛這門課程。10 月12 日，是新學期的第一節課，隻見朱自清一登上講台，便在黑板上寫下了兩首七律，一首是劉長卿的《送李錄事兄歸襄陽》：
十年多難與君同，幾處移家逐轉蓬。
白首相逢征戰後，青春已過亂離中。
行人杳杳看西月，歸馬蕭蕭向北風。
漢水楚雲千萬裏，天涯此別恨無窮。
另一首是蘇軾的《和子由澠池懷舊》：人生到處知何似？應似飛鴻踏雪泥。
泥上偶然留指爪，鴻飛哪複計東西？
老僧已死成新塔，壞壁無由見舊題。
往日崎嶇君記否？路長人困蹇驢嘶。
但是朱自清隻寫下了詩的內容，沒有寫下題目和作者，並詢學生對哪首詩感到熟悉，在聽完學生回答後，才從這兩首詩手講解唐宋詩的區別。
朱自清告訴學生，這兩首詩都是講離別的，但是意味卻不相同。前者就是抒發感情，後者則講出了一些道理。由此見唐詩主要是抒情，宋詩主要是說理；唐詩以《風詩》為正宗宋詩則以文為詩，即所謂“散文化”。朱自清的這種具體扼要便於理解的講解方式，引起了學生們極大的學習興趣。
朱自清講授時不僅逐句解析，深挖用句用詞的來曆，而深入淺出地給學生指出研究中國文學的路子，因此他的課程是大受歡迎。他還常常要學生自己給自己當老師，因此上課前，學生必須認真預習才能充分應對。
在學生眼中，朱自清是自己求學路上的指路人，但是他有自己的苦惱。這主要是入滇以來行政事務纏身，以至於他做學問的精力都被分散了。他常對人說：“你看我什麽學問也沒有，什麽也拿不出來，我實在非用用功不可了。”
早在1939 年1 月，朱自清就在日記中一吐心中的苦悶。他想到自從南遷以來，自己每天上午去學校辦公，下午訪友或買東西，晚上參加宴會茶會，這樣日複一日的生活實在無法令他把精力集中在研究上。
有一天，朱自清看學生壁報上有一篇文章是批評朱自清對導師製的看法的，原來他曾說學生決不願受師長之領導，因為他們習慣於群眾運動，善於利用集體力量改善自身的福利。
學生的文章則表示他們並不反對師長，而且他們也不能以自身力量謀取福利，並以貸金的事件為例子，說明學生要求貸金良久，但是校方卻並未付諸實施，學生的意思分明是對朱自清負責過貸金委員會工作有意見。
後來，朱自清看了壁報文章後，越發感到一些事務工作實在是浪費自己精力，也影響了自己的研究工作，再加上自己近來身體不適，常常胃疼。於是，他下定決心要擺脫這種忙碌的狀態，全身心從事國學研究。
後來，在學期結束的時候，朱自清以健康為由，辭去了西南聯大中國文學係主任職務。但是，校方還要他擔任清華國文係主任。因此他一時之間還不能完全擺脫行政事務的糾纏，這讓朱自清感到了無限苦惱。
朱自清辭職後，西南聯大中文係主任由著名語言學家羅常培繼任。開學後不久，羅常培主持中文係師生召開了一個座談會。
一開始，他講了係裏的一些情況，忽然話鋒一轉，很嚴肅地說道：“有一個同學，學號是1188，他填的表裏，說他愛讀新文學，討舊文學、老古董，這思想要糾正。中國文學係，就是研究中國言文字、中國古代文學的係。愛讀新文學，就不該讀中文係！”
原來，入學之後，係裏發給每個新生一份表格，目的是調他們的興趣和家庭情況，那張表就是學生劉北汜填的。當時南聯大中文係規定，中文係學生一、二年級上基礎課，三、四級以後分組，一為語言組，一為文學組。
那時，在新文學方麵隻有楊振聲開設的“中國現代文學”沈從文講授的“語體文習作”。由於劉北汜感到新文學課程少了，因此他在“課外愛讀書籍”這一欄目裏表達了自己的見。可是他萬萬沒有想到，這麽一件小事竟然惹得係主任如惱火。
正當劉北汜認為自己惹下大禍十分狼狽的時候，朱自站起身來說道：“這同學的意見，我認為值得重視。我們不能為學生愛好新文藝是不好的事。我認為這是好現象，我們應指導學生向學習白話文的路上走。這應是中文係的主要道路研讀古文隻不過便利學生發掘古代文化遺產，不能當成是中係唯一的目標。”
朱自清的這個觀點很顯然與羅常培的觀點針鋒相對，出與會者的預料的是，朱自清講完話後，會場一片寂靜。這楊振聲站起來支持朱自清的意見，並建議中文係的課程應增新文學的比重，座談會差一點變成了辯論會。
後來，朱自清越來越想要擺脫行政事務了，他給在吳組的信中說道：我這些年擔任係務，越來越膩味。去年因胃病擺脫了聯大一部分係務，但還有清華的纏著。行政不論範圍大小，都有些麻煩瑣碎，耽誤自己的工作很大……今年請求休假，一半為的擺脫係務，一半為的補讀基本書籍。一向事忙，許多早該讀的書都還沒有細心讀過；我是四十多了，再遲怕真來不及了……
不能全身心投入到學術研究之中令朱自清很不踏實。空虛之外，是從未有過的時間緊迫感。於是當他再次得到休假機會的時候，他便連清華國文係主任一職也辭去了。這說明他要徹底擺脫事務，專心學問。最後，朱自清的請求獲得了批準，他終於可以舒一口氣了。