戰爭爆發
林肯成為美國的第16任總統，住進了白宮。幾乎每個晚上，都有正式的宴會。
已經成為第一夫人的瑪麗終於實現了少女時代以來的夢想。穿著盛裝周旋在達官顯要之間，是她最開心的事。
但是林肯的心情卻很沉重，在他就職的第二天，就傳來了不好的消息。
薩姆特堡是位於美國南卡羅來納州查爾斯頓港的一處石製防禦工事。自從聯邦政府設在南方各州的機構陸續被南軍占領之後，他們已進逼到這個要塞來了。
安德森少校率領士兵頑強地防守著，但是糧食已經不夠了，這樣下去，這個要塞終有一天會失守的。因此，安德森少校來信請求政府派軍支援。但是如果政府派了軍隊去，一定會與南方軍隊正式起衝突，這樣一來，戰爭就無法避免了。
“政府還沒有做好戰爭的準備，隻能放棄這個要塞。”出任林肯內閣的共和黨元老休瓦特如此主張。
“如果退出了這個要塞，南方會輕視政府。”林肯認為應該運糧食到薩姆特堡去接濟軍隊。
4月12日，運糧船即將抵達薩姆特堡。就在這個時候，薩姆特堡遭到南軍炮轟。守軍沉著應戰，堅持了兩晝夜後，終於彈盡援絕而被迫投降。
占領了要塞的南軍，立刻燒毀了合眾國的國旗。
“薩姆特堡淪陷了！” 消息很快傳到北方。
南方果然以武力背叛了合眾國，現在北方不得不奮起應戰了。兄弟之間居然兵戎相對，一直期望著和平的林肯隻好忍住眼淚，下定決心。政府立刻召集誌願兵。
“我們要為美國的自由而戰！”北方的年輕人紛紛加入義勇軍。
南方也加緊各項準備。本來一直持觀望態度的中立州弗吉尼亞，也最終加入了南方陣線。南方聯盟的首府，設於弗吉尼亞州的裏士滿。
弗吉尼亞州與華盛頓市隻隔一條波多馬克河。美國就以此河為界，分為南北兩派。炮聲不時地隔河傳來，華盛頓的市民都很擔心，不知道哪天炮彈會飛過來。
華盛頓市通往北方各州的鐵路和電線，也都遭到破壞，市民因此更加惶恐不安。
林肯連片刻休息的時間都沒有。他當選總統不過一個月，臉上的皺紋已加深了好多。更不幸的是，在這樣艱難的時刻，老三威廉也因病離開人世。前一個晚上還好好的，第二天突然發高燒，不久就停止了呼吸。
“威廉……威廉……” 林肯接到噩耗趕回家去，抱著威廉的屍體失聲痛哭。
如果沒有戰爭，一向疼愛孩子的林肯可能會一兩年之內都無法恢複精神。但是現在國家處於非常時期，不容許他終日為喪子而憂傷。
戰爭開始以來，南方軍因為早有準備，一直占據優勢。北方政府的義勇軍沒有受過什麽訓練，總司令麥克萊倫也是個缺乏經驗的軍人，因此北軍接連失利。
“政府到底在幹什麽?為什麽不攻打裏士滿?”北方的人民議論紛紛，波多馬克河的對岸不斷傳來敵人的炮擊聲。
7月，政府終於派了三萬大軍攻進弗吉尼亞州，當時南軍就在離華盛頓不遠的布魯蘭。北方軍來勢洶洶，可是因為沒有受過什麽正規訓練，兩軍剛交戰了一天，北軍傷亡慘重。
“發動這種沒有把握的戰爭，完全是總統的失誤！”一向與總統意見不合的總司令麥克萊倫這樣說。
布魯蘭之役，政府軍再次挫敗，共和黨內也有人開始批評林肯政府的作風。財政部長蔡斯是內閣成員之一，也是共和黨的元老，他一向與林肯格格不入，在很多方麵都與林肯意見相左，因此他也不服從林肯的指揮。
在這種情況之下，北軍怎麽能戰勝團結一致的南軍呢?林肯陷入了深深的思索。
由於戰勢緊急，林肯任命佛裏蒙特擔任中部地區的軍隊總司令。這個人年輕有為，很多青年都願意在他的麾下效命。
布魯蘭戰役結束後，佛裏蒙特在密蘇裏州頒布了“解放奴隸命令”。 這個布告如果真的執行，原來保持中立的蓄奴州可能會立即加入南方聯邦。林肯總統聞訊，立即致信堅決反對，要求佛裏蒙特修改命令，使之符合國會頒布的法令。佛裏蒙特斷然拒絕。林肯於是以總統權力取消了佛裏蒙特的命令，後又將其撤職。
第二年，麥克萊倫也辭職了。這樣一來，林肯隻好親自擔任總司令，發布作戰命令。
除此之外，還有很多令林肯擔心的事。因為戰爭的關係，北方有很多工廠都倒閉了，與外國的貿易也因此減少。南方的情況也差不多，英國因為需要大量棉花，希望戰爭趕快結束，所以經常供應武器和金錢給南方。
戰爭拖久了會帶來什麽樣的結果?林肯自己也不知道。在這層層的憂慮之中，林肯的內心也慢慢有了一種轉變。他想起了佛裏蒙特所發的布告。林肯原來的想法是先謀求合眾國統一，奴隸問題以後再說。
但是北方有很多人非常讚成佛裏蒙特的作法，大家都認為：我們是為了解放奴隸而與南軍作戰的。現在有了這個理由，隱藏在林肯內心深處的理想，也逐漸被喚醒了。
“即使合眾國統一，卻不能維護自由的精神，那又有什麽意義?這是為了所有人類的自由而戰！”
戰爭繼續著，林肯的信念也越來越明顯，雖然困難重重，但他已有了奮戰到底的決心。
前來參加義勇軍的人中，有位年約40歲，名叫尤裏西斯·格蘭特（1822~1885年）的人，格蘭特年輕時曾參加過墨西哥戰爭，表現十分傑出。
他的領導能力逐漸在軍隊裏嶄露頭角，不斷地受到上司的賞識，終於讓他指揮大隊人馬。格蘭特率領的軍隊紀律嚴明，連戰皆捷。
1862年春天，格蘭特所率領的部隊攻下了南軍好幾個要塞。這對一直打敗仗的北方軍來說，無疑是個很大的鼓舞。於是林肯提升格蘭特為總司令，正如林肯所預期的，格蘭特是個了不起的軍事人才，政府軍在東部和中部接連取得了勝利。
解放黑人奴隸宣言
1862年，林肯擬就了一份《解放黑人奴隸宣言》，正式的宣言，是在次年的1月1日公布的。
不人道的奴隸製度終於被林肯總統廢止了！從第一次看見奴隸市場以來，林肯就一直在思考這個問題。這項玷汙人類曆史、違反人道的製度終於被明令禁止。從此以後，再也看不到殘酷的奴隸市場了。
但是，北方與南方的戰爭還在繼續之中。如果這場戰爭無法獲勝，解放奴隸的宣言也就沒有意義。因此，這場仗非得打贏不可。
此時北軍雖然已重振了軍勢，但是戰爭的情況並不順利。為了鼓舞士氣，林肯常常騎馬到前線去巡視，年輕的兵士看到總統親臨都很興奮。
林肯看到這些年輕的士兵，想著他們不知何時就會犧牲在戰場上，內心裏痛苦至極。有天晚上林肯正在通宵工作，侍衛告訴他有位老婦人來求見。
林肯接見了這位年老的農婦，原來她的兒子正在當兵，因為在站崗時打瞌睡，將要被判死刑。
“我的兒子是自願當兵的，他從小就沒了父親，很孝順我。一個星期前，他休假回來，不巧我剛好在生病，他天天不睡覺地照顧我，假期結束後他又回到了戰場上，結果當晚又輪到他站崗，由於他太疲倦，才會打瞌睡的，他絕不是偷懶。”
農婦的話令林肯很受感動，他對老婦人說：“我想你的兒子是個善良的士兵，我也知道，沒有比失去兒子更令人傷心的了，我會想辦法幫助你的。”
於是林肯立刻親自寫了封信派人送到前線去，使那位士兵免於遭受死刑。林肯在信裏說：“我不願意讓一位年輕的軍人白白地死去。我希望由下一代的青年負起時代的重任，使得美國更平等、更自由！”
第二天，林肯還派了一輛馬車送那位老婦人回鄉。