重返學校
聽說又可以返回格蘭瑟姆中學念書，牛頓不禁欣喜萬分，他又可以和斯托瑞小姐見麵了，也可以在藥局的二樓做自己喜歡的事了。
斯托瑞的心情和兩年前一樣。克拉克藥局的人們，房裏麵的任何事物都和兩年前一樣。白老鼠仍然忙碌地轉動風車，和牛頓一樣高的水漏時鍾仍然悄悄地滴著水給大家報時。
1600年，牛頓重返格蘭瑟姆中學。複學的牛頓，可以說是一位模範生。牛頓心裏很清楚家裏的貧窮，所以在各方麵都盡量節省。鞋子穿得露出腳趾，褲腳和上衣的肘邊都磨破了也不換新的。衣服破爛得太厲害時，斯托瑞就會拿出針線替他縫補。
格蘭瑟姆中學是一所文法學校，主要學習拉丁文。那個時期的英國，拉丁文占有重要的地位，大學的講義、學術書籍、公文等，都用拉丁文。所以，想進入上流社會的年輕人，不先進入文法學校的話，是不可能接觸到上流社會的。當然，文法學校的學科不隻是拉丁文，還有神學和數學。神學是講授有關基督教的“神”的學問，不學習神學就無法傳教，所以想從事牧師這行業的人，必須念神學。文法學校的數學，主要是幾何學。幾何學就是研究圓、直線、三角形等圖形的學問。在幾何學裏，三角形內角的和一定是一百八十度，學生必須思考如何作合理的證明，所以幾何學可說是訓練正確邏輯思維的一門學科。
羅伯特·波義耳在這一年發現了波義耳定律：“在密閉容器中的定量氣體，在恒溫下，氣體的壓強和體積成反比關係。”
與此同時，英國另一位名叫胡克的物理學家，他把輕的或重的東西吊在彈簧上以觀察重量和彈性的關係。研究的結論是：“在彈性限度內，物體的形變跟引起形變的外力成正比”，這就是胡克定律。這個定律發表於牛頓複學的第二年，並被大家廣泛接受。
牛頓十分用功，在學校裏沒人比他更努力。不過，星期六他也和別人一樣，到鎮裏的教堂去傾聽牧師講道。牛頓從教堂出來時，隻要天氣好，就和斯托瑞一起到郊外遊玩。秋天的一個天氣晴朗的星期六，從教堂出來後斯托瑞說：“牛頓，今天的講道很有趣吧？”
“有趣，也很奇妙。能那樣明白的論證神的存在，我是做不到的。”牛頓近來開始以大人的口氣和斯托瑞談話了。
“神本來不就是存在的嗎?”斯托瑞說。
“人們的肉眼看不到神，是用心看到的。”
“不論哪一個國家，總有不信神的人。”清爽的秋風撫弄著斯托瑞的秀發，天上飄浮著朵朵白雲。
“論證是件很有趣的事情，斯托瑞。”
“神是會顯現奇跡的。”牛頓牧師式的語調，使斯托瑞感覺奇怪，她仔細地看著他的臉，沒有說話。
“基督顯現了奇跡。”他又繼續說下去。斯托瑞睜大了眼。
“所以，基督是神。”斯托瑞再次回過頭去看了看牛頓的臉。
“這就是論證，是三段論法……”
“當然是這樣啊。”斯托瑞不大高興地說。明明白白的事情，故意說得玄奧高深，使她感到討厭。
“斯托瑞，其實這個論證並不正確。”牛頓突然皺著眉，小聲地說。
“什麽是錯誤的?”斯托瑞不理解。
“三段論本身無誤，問題在於使用的方法。”
“我一點兒都不懂。”牛頓看似矛盾的話，讓斯托瑞更難理解了，她不想再聽下去。
“斯托瑞，再聽聽吧。”牛頓請求道，斯托瑞答應了。
“《聖經》裏麵記載奇跡。事實上是沒有奇跡的。隻要發生了罕見的事情，愚昧的人們就認為是奇跡，其實這隻是一種自然規律。”牛頓把自己的想法一一說給斯托瑞聽。
“牛頓，你說的自然規律，我認為好像是神的法律……”
一聽到這句話，牛頓高興得要跳起來。“這樣想就對了。自然界的萬事萬物，無一不是神的安排。一切都是奇跡，一切也都不是奇跡。”
“那是什麽意思呢?”斯托瑞歪著頭溫柔地問。
“同一個神顯示出的事情，你認為有的是奇跡有的不是奇跡嗎?”
“不知道。”斯托瑞回答。斯托瑞剛在教堂裏聽了基督的奇跡。雖然覺得牛頓的說法比牧師的講道更為合理，但不能全盤接受他的說法。“不知道”就是表示她的迷惑。
“我想說的是，自然界的事物，隻是兩種情況，都是奇跡或者都不是奇跡。”起先有點羞澀的語調，越來越激動，牛頓的臉漲紅了。
“回到論證的話題吧。”牛頓平複了一下語氣接著說道。
“以我的想法來推論，‘神會顯現奇跡’的這個前提是錯誤的，所以‘基督是神’這個結論就錯了。三段論法沒有錯……”斯托瑞默默地低下頭。牛頓對基督、對奇跡的這番言論，她認為是在正麵攻擊牧師的說法。
“你知道猶大吧。不論這個背叛者怎麽要求，基督都拒絕顯現奇跡。奇跡不是被祈求就能顯現的，這對於神或對於基督都是一樣的，最重要的是，基督拒絕顯現奇跡。”
“但基督顯現了奇跡。”斯托瑞的聲音欠缺說服力。
“《聖經》雖有記載，但那是不正確的。事實上，一切都是遵循自然規律而產生的結果，不是奇跡。”牛頓有力地反駁道。斯托瑞更覺得莫名其妙了，也不知為什麽，一陣悲哀襲上心頭。
牛頓在學校裏學習幾何學，解決幾何上的問題，最重要的就是證明，論述過程就是證明。幾何學也可說是圖形的證明學。牛頓學習幾何學的時候，深深地被證明過程所吸引。對於證明中出現的問題，非得打破沙鍋問到底不可。
在格蘭瑟姆中學又學習了一年左右的時間，牛頓順利地畢業了，他是帶著優秀學生的聲譽參加畢業典禮的。牛頓即將離開格蘭瑟姆，他唯一難以割舍的是斯托瑞，兩人在這幾年中已經建立了深厚的感情，但是，他們的愛情還未開始就已經宣告結束了。後來，斯托瑞嫁給了他人，而牛頓終身未娶。