無所不能的英雄
接著，拿破侖又計劃進軍印度，拿破侖很向往東方國家。就在這時，發生了一件事。拿破侖登陸埃及的艦隊被擊沉了，停泊在尼羅河口阿布基爾灣的法國軍艦，遇到了納爾遜的艦隊，被全部殲滅了。
聽到這個消息，拿破侖一時也失去了主意，茫然發起怔來。
“怎麽回事？這樣一來，我軍會被遺棄在沙漠中。”拿破侖軍隊與法國本土中斷了聯係。到底要怎麽辦，才能回到法國呢？
“真糟糕，我隻注意陸軍，沒想到因此而失敗了！”幕僚們也因絕望而麵無血色。
“可惡的英國艦隊！”
“如果我們擁有一位海軍名將，就不會遭到如此的慘敗了。”
“我們的海軍是太不像話！”部下們都異口同聲地責備海軍。
拿破侖卻說：“是我不好。因為我從來沒注意到海軍，我們現在來為殉國的水兵祈禱吧！”拿破侖低頭禱告，“既然如此，那幹脆離開法國，征服東方吧！”不管遇到任何困難都不會退縮的拿破侖在埃及開始了他自立更生的計劃。於是，他放棄了回國的願望，想沿著陸路從敘利亞、美索不達米亞到達印度，然後在印度編組崇拜拿破侖的土著軍，再回頭征服歐洲。
拿破侖就是這樣一位越是困難越會空想的英雄，隻要有心去做，沒有做不到的事。
1799年2月10日，拿破侖率領14000名士兵進攻敘利亞。因為他得到情報，獲知敘利亞方麵的土耳其軍想趁機攻擊孤立在埃及的法軍。
那就先下手為強，拿破侖又發動他最拿手的如旋風般的攻擊，進攻了敘利亞。於是，大軍又開始了沙漠行軍。通過沙漠時隻要能夠遇到水，全軍就能恢複作戰。
2月22日，法軍擊敗土耳其軍。24日，法軍進入巴勒斯坦，攻陷加沙。3月4日，他們包圍特拉維夫·雅法，一星期後占領該城。
他們終於遠遠看到了敘利亞肥沃的原野，綠色的樹木。但是，在他們攻擊特拉維夫·雅法之後，全軍忽然感染上了流行性疫病，有七八千名士兵病倒了。
麵對大自然可怕的威脅，拿破侖歎息著說：“你們還要繼續攻擊阿卡，如果在這裏倒下來，就前功盡棄了。我已經派人到阿卡去要求他們投降。”但是軍使一直沒有回來。
“情況不妙！”當幕僚們正在懷疑時，探子來報，軍使的屍體已經被發現。
“可惡！”士兵們站在被慘殺的屍體前，非常憤慨。
防守阿卡的士兵並不是土著，而是擁有英國武器的阿爾巴尼亞軍。法軍連續攻擊了12次，阿卡的城牆絲毫未受損。連續圍攻兩個月後，斯密士率領的英國艦隊來了，援助阿卡城，抵抗法軍的攻擊。如果被圍困在阿卡，那形勢必定很危險，拿破侖決定撤軍，返回埃及。
被法軍敗退的3萬土著兵，趁機追擊法軍，拿破侖沉著應戰，終於擊退了他們。“這樣，他們就知道法軍的厲害了。”拿破侖笑著命令全軍撤退。
離開埃及，挽救法國
“連這麽一個小小的城池都攻不下來，真是令人慚愧！一旦阿卡被攻陷，法軍就能到達幼發拉底河，然後像怒濤般進攻印度，那麽，曆史就會改寫。”在沙漠中撤退時，拿破侖心中一直這麽想。
從阿卡返回開羅，要行軍25天，拿破侖大軍三度被困在沙漠，風暴的襲擊，使得帳篷全被吹走，士兵眼睛睜不開，喉嚨也因風沙而呼吸困難，這真是一次慘痛的撤退。一望無垠的沙漠，似乎永無盡頭。馬也不夠傷兵騎坐，使整個歐洲聞之喪膽的拿破侖大炮，隻能丟棄在沙漠中。炮車被沙漠裏的風沙所埋沒，年輕的英雄就這樣悄悄撤退了。拿破侖最後下了馬，徒步走在炙熱的沙漠上。
一路上受毒蟲及熱病的侵襲，最終士兵們疲憊不堪地回到了開羅。
“拿破侖回來了。”
“情況有些不對。”開羅的百姓們私下議論。
拿破侖不得不貼出一張公告說：
“遠征敘利亞全勝而歸，現在的阿卡城已成一座空城。”
這時，土耳其軍又繼續攻向亞曆山大港，隻要把這場仗打贏了，埃及人民就會相信拿破侖的謊言。但是土耳其軍隊在海上有英國艦隊支援，在陸地上有馬美盧族人的協助。
拿破侖在埃及尼羅河附近和土耳其軍遭遇。法軍在開羅經過休息後，在這次戰鬥中發揮了強大的威力，打了一場漂亮仗。
17000名土耳其軍大敗，跳入尼羅河中被淹死的有6000名左右，其餘的全部被俘，無一人漏網。拿破侖三天三夜不眠不休想出來的妙計再度奏效，拿破侖的屬下知道他抱有決死之心，他們緊握著拿破侖的手，大聲稱讚說：“拿破侖將軍，你真是世界上最偉大的名將！”
因為阿卡失敗而失去信心的法軍，這次勝利使他們勇氣倍增。拿破侖軍隊仍然驍勇凶猛的消息傳到了英國。雖然勝利了，但是和法國本土依然沒有聯絡，拿破侖不知道法國方麵的任何消息。
法國的情形怎麽樣了？士兵們都抱著焦灼的心情，盼望法國來信。國內或許吃了敗仗，拿破侖也很不安，他決定在時機適當的時候和英國艦隊簽訂停戰和約。
英國艦隊畏懼拿破侖的厲害，接受和談。這時，拿破侖從英國艦隊那兒得到一份法國報紙。好久沒有看到法國報紙的拿破侖，一字不漏地把報紙看完了。
但這份報紙給了他很大打擊，就像拿破侖所預料的那樣，法國國內叛亂四起，萊茵軍戰敗，拿破侖所占領的意大利又被敵人奪回去了。
“啊！意大利又被奪回去了！”拿破侖留下不朽功績的意大利，又落入敵人手中。
“糟糕！再這樣下去，法國會完蛋的。”拿破侖身邊的將軍也在搶看報紙。
“這樣一來，我不但完不成遠征東方的心願，連埃及都無法離開了。”
“該怎麽辦呢？”將軍們緊張的臉色蒼白起來。
“根頓中將，我們還剩下幾艘軍艦？”拿破侖突然問道。
“在阿布基爾戰敗後，還剩下卡洛魯號和米倫號兩艘軍艦。”
“好！”
拿破侖胸有成竹地說：“各位!我想要離開埃及。”
將軍們大感意外：“將軍怎麽能一人離開呢？把曾經同生共死、忠勇的士兵們留在炎熱的埃及，這樣怎麽對得起戰死的士兵？士兵們知道了又會怎麽想？”
“各位！把部下丟在沙漠裏自己跑掉的拿破侖，人家會怎麽說呢？可能會被說成逃亡，永遠留下一個罵名。”
將軍們都低下了頭。
“但現在法國需要我，除了我，沒人能夠拯救法國，我如果還停留在這裏，終有一天會和各位一起被埋在沙漠裏。這樣做，我沒有背棄士兵，但卻背棄了法國。”拿破侖以悲壯的語氣說著。
“你們大家注意聽著，我要帶著500名士兵和幕僚們回法國去。”
“埃及由誰來負責防守呢？”
“由克萊貝爾將軍負責，我挽救法國後，會立刻趕回來。”
就這樣，拿破侖把全軍的指揮權交給副將克萊貝爾。
8月23日，拿破侖悄悄地由亞曆山大港坐上戰艦離開了埃及。