光複馬尼拉
麥克阿瑟計劃進攻棉蘭老島，棉蘭老島距馬尼拉300公裏，距雷伊泰500公裏，美軍總部給麥克阿瑟下令：“此舉太過大膽，且執行上太冒險。”但麥克阿瑟此時急於想收複馬尼拉，對華盛頓的命令置之不理。
最初金凱德也表示反對，他認為艦隊進攻棉蘭老島必須穿過蘇裏高海峽和蘇祿海，很容易遭日機攻擊。麥克阿瑟堅持認為山下因為在雷伊泰的慘敗，不敢再為堅守棉蘭老島作太大犧牲，而且他需要保持軍力守衛馬尼拉，金凱德被說服了。果然不出麥克阿瑟所料，棉蘭老島沒有重兵駐守，第七艦隊完成了使命，美國大兵僅用幾個小時就占領了全部日軍放棄的空軍基地。
棉蘭老島幹燥而堅實，肯尼視察過基地後，十分滿意。在麥克阿瑟的計劃中，棉蘭老島是跳往林加延灣的“最後踏腳石”。他和敵人都很清楚，假使山下失去了呂宋，美軍進攻日本本土，中間就隻剩下琉璜島和衝繩島兩個據點了。
1945年1月3日晚，士官仰望司令部陽台，看見將軍在默默地走來走去。
“他的動作和步伐，都與往常不同，他沒有拿煙鬥，沒有戴那頂著名的巴丹帽，禿著頭，雙手在背後緊握著，緩緩踱步，腳步緩慢得好像在測量，一個人在陽台上……他那威武的身影在沉思中緩緩移動。”
接近呂宋的戰爭，將掀起第二次世界大戰在西南太平洋區的**。麥克阿瑟正在思量，第二天早上，將會登上旗艦“玻伊斯號”輕巡洋艦，向仁牙灣前進，將統率太平洋上曆來集結的最大艦隊——1000艘大小船隻、3000艘登陸艇，率領28萬名士兵，但是山下有275000名士兵，太平洋區最龐大的軍隊正以逸待勞地在等著他。
聖誕前三天，山下就已經開始準備迎敵，把勞威爾的傀儡政權（包括曼努埃爾·羅哈斯在內）遷到了較易防守的夏都碧瑤，離馬尼拉200多公裏的山區，如今，麥克阿瑟的艦隊逼近，他自己的司令部也搬到了碧瑤。這位高大強壯的日軍將領十分自信，並誇下海口：“失去一兩個島嶼算不了什麽，菲律賓的領土廣大得很，我們可以隨心所欲地大戰一場，我將在菲律賓群島為大東亞光榮圈寫下輝煌的一頁曆史。”
東京電台訪問山下後廣播道：“呂宋之戰，30萬的美國軍官和士兵注定將要在此送命，等著瞧吧！”
其實，山下心裏已經絕望，隻是不敢表現出來，他認為美軍的炮火猛烈，同時哈爾西航空母艦又在海麵巡邏，如果堅守海岸線進行頑抗沒有任何意義，所以全部撤離。他在拖延呂宋本島的抵抗，為的是絆住麥克阿瑟的大軍，使日本有充足的時間在本土建築防禦工事。
防守的軍隊在戰略上有很多優勢，山下清楚知道敵人將在什麽地方進攻。麥克阿瑟雖想給他一個措手不及，但呂宋中部的大平原是美軍坦克部隊最理想的進攻路線，隻有仁牙灣適合進攻，所以麥克阿瑟也隻好效仿三年前本間進攻時所采取的路線。羅米洛還很清楚地記得自己在聽到馬尼拉廣播“在仁牙灣發現80艘敵軍運輸艦”時的驚愕。
金凱德艦隊的士兵也在震驚，日本神風特攻隊的攻擊力達到了巔峰——40艘美軍艦隻被擊傷或沉沒了，可見敵軍的潛艇還是很活躍的。
麥克阿瑟站在後甲板上觀戰，目睹兩枚魚雷向“玻伊斯號”射來，船長卻巧妙地躲避過去了，麥克阿瑟對他很讚賞，又眼見敵人潛艇在“玻伊斯號”左舷上升時被美軍驅逐艦擊中，更為讚賞。過了一會兒，麥克阿瑟回到艙內，正在這時有一架神風零式機衝向“玻伊斯號”，艾奇勃醫師大驚失色，但是差不多三秒左右，零式機在轉向另一艘船時被高射炮擊中爆炸了。
“玻伊斯號”甲板受到震**，醫師急忙下艙，看到麥克阿瑟躺在鋪上，緊閉雙目，還以為他在假寐，因為這種時候，沒有人能夠熟睡。他在門口為麥克阿瑟計算呼吸，1分鍾呼吸16次，表示正常脈搏是72次，他進艙給麥克阿瑟把脈的時候把他弄醒了。醫師問他怎麽會睡著呢？他道：“我已經看到了我要看的全部戰鬥，所以我想睡個午覺。”
麥克阿瑟在他的回憶錄中記述：
當這強大的艦隊駛近海岸時，我看到了往日所熟悉的標誌，認出了水平線上在陽光中發亮的地形——馬尼拉、科雷吉多爾、馬裏維爾斯、巴丹。我真不想離開船欄，在我旁邊的僚屬們一個個走開了，我一個人孤單地沉浸在回憶中，一幕幕難以忘懷的舊時景象讓我有一種難以形容的複雜感覺——困惑、悲哀、孤獨和莊嚴的奉獻。
1月10日清晨，美國大軍迫近海岸，紛紛登陸。忽然刮起的一陣颶風讓麥克阿瑟乘坐的小艇無法靠岸，麥克阿瑟便蹚著水登陸了。兩天後，他把司令部設在了仁牙灣東麵32公裏的達古潘鎮的一所學校內。
麥克阿瑟急著光複馬尼拉，敦促克魯格快速進軍。克魯格推想敵人一定會設重兵保衛首都，麥克阿瑟則料定山下為保持實力，一定會退守山區，並堅持說：“50年前，我看著我父親在這片土地上獲得勝利。我對這裏的地形，無論每個起伏、每寸土地，都十分熟悉。”
他覺得可以避重就輕，繞道稻田小鎮間的道路，直達馬尼拉。他確信日軍的一級司令官都知道首都馬尼拉沒有戰略價值，是不會重兵設防的。
克魯格力爭不能輕敵，但是一路進軍卻沒遇到頑強的抵抗，很輕易地就攻下了克拉克機場。克魯格正在整頓機場，麥克阿瑟已迫不及待，又閃電進軍向山下示威，第六軍向馬尼拉推進時，麥克阿瑟派軍一團登陸納蘇格布灣，沒費一兵一卒就取得了要港奧隆加坡。
麥克阿瑟身先士卒，親臨前線督戰，他希望1月26日，也就是他生日的時候能攻下馬尼拉，但事實上很難辦到。2月3日先頭部隊逼近市郊，一兩天後，戰地公報宣稱：“我軍迅速掃**馬尼拉敵軍，包圍了守軍。該城很快就會被攻下。”
羅斯福、丘吉爾等紛紛電賀麥克阿瑟的成功。萊希向羅斯福總統報告，麥克阿瑟已到達城外，救出了美國戰俘。
艾克爾伯格記述道：“大首領可能會在最近的三四天內進入馬尼拉。”但兩天後，他們就接到了麥克阿瑟官式的邀請入城。事實上，當時城內的街道磚礫遍布，血肉狼藉，正式入城，還要等一個月後。日軍殺戮平民將近10萬，其殘酷暴行，令人發指！
麥克阿瑟進城後，首先救出了集中營的俘虜，打開了老比利比德監獄的大門，放出的人都是衣衫襤褸、慘不忍睹，有的泣不成聲，有的用微弱的聲音說著：“你回來了！”“你成功了！”麥克阿瑟很難過，隻是說：“我來遲了，不過我們還是回來了。”
1945年2月27日，麥克阿瑟走進了鋪著紅地毯、完整如昔的馬拉卡南宮，把首都正式交還給了奧斯梅納總統，並致辭：
自從我們的部隊和各種設施撤出這座美麗的都市後，已經過去三年了，辛酸、掙紮和犧牲的歲月都過去了。按照戰爭規定，這座不設防的城市，它的教堂、紀念塔碑及文教中心，不應該受到軍事行動的摧殘，但是敵人對此卻置之不顧，很多我曾設法保護的東西，都被敵人在危急時刻，在垂死掙紮的行動中，恣意破壞。但是，這些灰燼也注定了他們自己未來的命運。
現在我代表敝國政府鄭重宣布，總統先生，貴國憲法上全部的權力與責任，貴國政府依照法律規定在此首都所在地上重建。因此，貴國可以重新在自由國家的世界中，自由地謀求受人尊重的地位。貴國的首都雖然曆盡滄桑，但現在又重獲公正地位——遠東民主國家的一座堡壘。
麥克阿瑟說得聲音震顫，雙手蒙臉而泣，過了一會兒，他用衣袖擦擦眼睛，又繼續說道：
願卑恭而虔誠地向萬能的上帝感謝，感謝他把最後的勝利給我們，請在座的各位和我一起朗誦主的禱詞。
麥克阿瑟在回憶中記述：
在別人看來，這似乎是我不朽的勝利時刻，但我自己覺得，似乎隻是我心力交瘁到了極點。它已經傷害了我內心的一些東西——眼看著我的士兵一個個離去。
3月2日，麥克阿瑟帶著巴丹的一批舊屬重新返回科雷吉多爾，該島已麵目全非，被破壞得無法辨認了。麥克阿瑟看到這種情況，對眾人說：“各位，科雷吉多爾就是現實的證明，鞏固堡壘的時代已經過去了。”
麥克阿瑟對佃農的情況很同情，對於那些現在遠在海外的西班牙和美國的地主，甚是憎恨。他提議要懲罰那些在淪陷期間與日軍合作的叛國分子，但也在盡力為他以前的朋友開脫。他對奧斯梅納總統有些偏見，認為他們之間很難合作。
麥克阿瑟壓倒性的勝利，讓碧瑤的傀儡政府很惶恐，他們向山下求助，山下便派飛機在3月19日將勞威爾及其他三人，從台灣送到了日本。
4月中旬，美軍第三十三師逼近夏都碧瑤時，羅哈斯和其他三名部長，還有最高法院司法官逃入了美軍的警戒線。麥克阿瑟聽聞後，立即命令飛機把羅哈斯接到馬尼拉，並命令《自由菲律賓》主編發布消息，標題為：
“羅哈斯隨被解放民眾逃出，四名閣員被擒。”
內容說明是“四名與傀儡政府合作分子被捕，在戰爭未結束前為了軍事安全而受監禁，並移解到菲律賓政府審訊處理”。但麥克阿瑟稱羅哈斯曾多方麵協助遊擊隊，應予分別處理。
1945年3月，瓊帶著兒子阿瑟和女傭亞珠等從布裏斯班到了馬尼拉，麥克阿瑟一家分別四個多月後又重新團聚了。
麥克阿瑟對阿瑟很溺愛，每天一定會抽出時間陪伴他，瓊擔心這樣會把兒子寵壞。瓊當時想送阿瑟進學校讀書，但戰後一切還沒有複原，好多學校都被毀了，所以他們隻好請了一位英國夫人給阿瑟做家庭教師。
凡是和麥克阿瑟相處過一段時間的人，即使很短時間，也能感覺出麥克阿瑟的頭腦不凡。約翰報道：
即使是戰爭資料局的羅伯特·休武德和麥克阿瑟會談三個小時，也會對他佩服不已，自歎不如。因為在他的頭腦裏不知何時已經定下了將來征服日本後如何統治的最詳盡的細節。他的構想總是輝煌、廣闊而大膽。休武德曾想，不管軍事範圍內發生什麽事故，都應該給他一個機會把他浩大的計劃付諸實施。
麥克阿瑟還告訴休武德：對日戰爭的勝利，會給美國對亞洲的前途有著極大的影響力。如果美國對這種影響力使用帝國主義的形式，或者隻顧片麵的商業利益，那會喪失大好的黃金機會；但是，如果把我們的影響和力量，用真實的自由主義來表達，那將會獲得亞洲人民永遠的友誼和合作。
麥克阿瑟也曾對另一位訪客、海軍部長詹姆斯·V.福雷斯特爾討論過未來占領日本的問題，福雷斯特爾在日記中記述：
他談到了美國能夠對抗共產主義的兩大思想方針：一、自由與解放的思想；二、基督教的思想。
約翰還感覺，麥克阿瑟的專橫隨著他戰爭的勝利而日盛。
雅爾塔會議中，羅斯福和丘吉爾要求斯大林派兵參加對日戰爭，斯大林乘機提出條件，例如：各國要承認外蒙古的自治，大連商港國際化，蘇聯享有優先利益，庫頁島南部及其鄰近各島歸還俄國，千島群島割與蘇聯，中東鐵路與南滿鐵路由中、俄共同管理。麥克阿瑟也知道攻占日本，很需要蘇聯參戰。羅斯福聽了參謀總部的報告後決定：隻要蘇聯願意參加遠東戰爭，就接受斯大林在雅爾塔所提出的任何條件。
為了協助盟國，華盛頓命麥克阿瑟攻取婆羅洲幾個據點。麥克阿瑟率領著部分澳洲軍隊，親臨前線督戰，他身先士卒、不懼炮火的一貫作風，深獲澳洲軍的欽佩，幾個據點很快便拿下了。
麥克阿瑟進軍很順利，不久便攻下了硫磺島與塞班，並以這兩個地方作為空軍據點，使美國空軍B29型空中堡壘能夠直接轟炸日本本土。日本國內的人民起初都以為戰爭即將勝利，敵人即將投降。等到硫磺島失陷，美國海軍炮轟沿海城市的時候，才明白了真相，個個驚慌失措。
1945年4月1日，盟軍進攻了距離日本九州僅50公裏的衝繩，這更讓日本人民震驚不已。看樣子，登陸日本本土的日子為期不遠了。
肯尼因公趕赴華盛頓，3月20日羅斯福在病中召見了他，囑他轉告麥克阿瑟，有重大工作將要委任給麥帥——地點是菲律賓之北。肯尼返回馬尼拉後，向麥克阿瑟報告，說他將是統領盟軍進攻日本的總指揮官。麥克阿瑟不相信，說：“我知道將由尼米茲擔任，我隻是負責肅清菲律賓殘敵，南征荷蘭屬地東印度。不過，是誰告訴你的？”
肯尼答道：“一個叫富蘭克林·羅斯福的人說的。”肯尼後來描述當時的情況：
麥克阿瑟竭力想控製自己的表情，但還是沒有控製得住，他跟我一樣高興……我對尼米茲沒有反感，但還是覺得麥克阿瑟是執行此任務的較適當人選。
4月3日羅斯福總統下令改組太平洋區軍事指揮權，原來的地區劃分已不適合，應該廢止。尼米茲負責統領所有海軍，麥克阿瑟擔任地麵軍隊總指揮，一切軍事行動，由海、陸、空三方麵密切合作。不久，羅斯福逝世，指揮權問題又起了爭執。福雷斯特爾記述：
4月中旬在關島舉行正式會議，盟國外交官也出席參加，麥克阿瑟的代表竭力爭取太平洋區陸上及空中軍事指揮全權，僅由海軍擔任海上支援行動。
亞諾爾特在日記中記著：
尼米茲不同意肯尼的空軍轟炸敵艦，或在海岸15公裏以外有所行動，堅持認為海軍有進入日本內海的第一優先權。
福雷斯特爾記述：
麥克阿瑟覺得尼米茲是他的好朋友，但是他懷疑對方並不把他當朋友。
麥克阿瑟向艾克爾伯格說：“海軍的目的是戰後控製全部海外形勢，而陸軍隻是作作警衛罷了。”他還說海軍不想依靠陸軍的協助擊敗日本，陸軍的《步兵日報》編輯在出賣陸軍，隻知道替海軍宣傳。總之，每個人都在與麥克阿瑟作對。尼米茲堅決表明立場：“海軍不向陸軍屈服。”
當時，日本將領正在積極準備防禦進攻，絕不放棄保衛鄉土的努力，並誇口盟軍如來進攻，將遭遇猛力反擊。但是，麥克阿瑟看法不同，他要求五角大廈和國務院采取安撫態度，並預料到局勢的突破將是東京方麵主動，而非日軍。但是，華盛頓方麵卻無人相信他，並認為日本非常頑強，還能夠支持兩年。
事實上，麥克阿瑟的觀察是正確的。天皇本人希望和平，駐莫斯科的使節也正在進行試探和平。假如羅斯福總統沒有死，他一定能感覺到和平的可能。杜魯門繼任後不久，因缺乏外交經驗，僅僅依靠艾奇遜、麥克爾羅伊和霍普金斯等顧問主持大計，他們主張，除非廢黜天皇，無條件投降，否則戰爭很難停止。麥克阿瑟知道他們的主張後很吃驚，他明了日本軍民順服天皇的心態，除非天皇下令，否則日本軍民是不可能投降的。當時如果能順從麥克阿瑟的主張，也就不用投擲原子彈了。
在廣島投擲原子彈的前兩個星期，麥克阿瑟就告訴肯尼，日本最遲會在9月1日投降，或許還會提前。
8月6日，第一顆原子彈丟在了廣島，兩天後蘇聯宣布參戰，向中國東北九省進軍。8月9日，第二顆原子彈投向了長崎，8月12日杜魯門下令B29停止轟炸日本，8月15日天皇下令東京時間下午4點停止一切軍事行動。杜魯門獲得各方同意指定麥克阿瑟為盟軍最高統帥，接受日本投降。